국세청「연구·인력개발비 세액공제」인정·불인정 사례
국세청 공익중소법인지원팀에서는 아래와 같이 연구·인력개발비 세액공제 적용시 세액공제의 인정 및 불인정한 사례는 제공하고 있으니 참고하십시오.
「연구·인력개발비 세액공제」불인정 사례_자체 연구개발비 외
01. 자체 연구개발비
가.인건비
[사례1-퇴직연금 보험료]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇는 연구소 소속 전담연구원 ○명의 퇴직연금 보험료 ○억 원에 대해 연구・인력개발비 세액공제 신청
◎ 쟁점사항
• 전담연구원의 퇴직연금보험료가 연구・인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부
◎ 부인사항
•
퇴직연금보험료는 “근로자가 퇴직을 원인으로 지급받는 퇴직소득에 해당”하여 퇴직급여의 성격이 있으므로
•
해당 과세연도의 연구・인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 보기 어려워 세액공제 대상 불인정
[사례2-주주인 임원을 전담연구원으로 등록]
◎ 사실관계
•
법인 ◇◇는 전담연구원 2명이 부부이며, 남편은 당 법인의 보유주식 10%를 초과하는 대표이사이고 처는 주식 5% 보유하고 있는 등기 이사임
•
○○프로그램 개발을 수행함에 따라 발생하는 전담연구원(대표자,배우자)의 인건비 ○억 원에 대하여 연구・인력개발비 세액공제 신청
◎ 쟁점사항
• 최대주주인 대표이사의 인건비와 특수 관계자인 배우자의 인건비가 연구・인력개발비 세액공제 대상인지 여부
◎ 부인사항
• 주주인 임원으로서 당해법인의 지배주주와 그와 특수관계인인 자의 인건비는 세액공제 대상이 아니므로 세액공제 대상 불인정
[사례3-겸직 연구소정에 대한 인건비]
◎ 사실관계
•
법인 ◇◇는 반도체를 연구・개발하는 법인으로, 수백 명의 연구원이 연구소에 소속되어 연구를 하고 있음
•
연구과제를 수행함에 따라 발생한 비용 중 연구소장 갑에 대한 인건비를 연구・인력개발비 세액공제 신청
◎ 쟁점사항
• 연구소장 갑의 인건비 비용이 연구・인력개발비 세액공제 대상인지 여부
◎ 부인사항
• 연구소장 갑은 수백 명의 연구원들을 관리하고, 회사 관리업무, 대외업무 등 행정적인 업무를 겸직하였음.
• 따라서 연구전담요원이 아닌 갑의 인건비는 세액공제 대상이 아니므로 ○억원을 연구・인력개발비 세액공제 불인정
[사례4-관리직원의 인건비]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇는 연구전담부서에 소속된 연구원들의 인건비를 연구・인력개발비 세액공제 대상으로 신청하면서 관리직원 갑의 인건비 ○백만원을 포함
◎ 쟁점사항
• 관리직원에 대한 인건비를 지출하는 경우 연구・인력개발비 세액공제 대상인지 여부
◎ 부인사항
• 관리직원 갑이 업무는 기자재 및ㅊ 부품 등의 구매 등 연구・개발활동을 행정적으로 지원하는 업무임
-전담연구원 및 연구를 직접적으로 보조하는 자가 아닌 관리직원은 공제대상에서 제외됨
• 따라서 관리직원에 대한 인건비 ○백만원은 연구・ 인력개발비 세액공제 불인정
[사례5-연구소 등록 전 연구관련 비용의 공제 여부]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇은 2018년부터 연구 인력을 채용하여 자사 제품의 효율성을 높이는 연구를 계속하여 수행
• 2018년부터 2019년 6월까지 연구소 미등록으로 연구를 해오다 2019년 7월에서야 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소를 등록
◎ 쟁점사항
• 연구소를 등록하기 전 지출한 인건비 등 연구개발비가 연구・인력개발비 세액공제 대상인지 여부
◎ 부인사항
• 조특령 별표6은 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위해 설립한 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 전담부서등에서 지출한 비용을 세액공제를 적용받을 수 있는 대상으로 명시하고 있음
• 따라서, 법인 ◇◇이 연구소를 등록하기 전 지출한 비용은 실질적인 연구 수행여부와 관계없이 연구・인력개발비 세액공제 대상 불인정
[사례6-연구원이 사내이사 업무 수행함을 확인]
◎ 사실관계
• 연구원 갑은 법인◇◇의 등기 이사이자 대표이사의 배우자로서 전국 각지에서 관련 강연 및 제품 홍보를 수십 회 실시하고대표이사 개인 심부름, 홈페이지 홍보자료 제작, 전단지 제작 등 수행
◎ 쟁점사항
• 기업부설연구소 소속 전담연구원이 비연구 활동을 할 경우 연구인력개발비 인건비 세액공제 대상인지 여부
◎ 부인사항
• 제품 홍보, 주주총회 참석하여 주요의사결정 수행, 대표이사 개인 심부름 수행 등은 비연구활동으로서 해당 활동 수행 시 조특칙 7③에 따른 연구전담요원이 아니므로 인건비 불인정
나. 재료비
[사례1-연구시설 건물 임차료 지출비용]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇는 자동차 제어장치를 제조하는 법인으로 연구실 시험과정에서 사용하는 시제품 제작에 사용되는 부품 외에 연구시설 건물의 임차료 ○○백만원을 재료비로 분류하여 연구・인력개발비 세액공제 신청
◎ 쟁점사항
• 연구시설 건물의 임차료가 조특령[별표 6]에 해당하는 재료비로 인정될 수 있는지 여부
◎ 부인사항
•조특령 [별표6]에서 공제하는 연구・시험용 시설의 임차비용은 조특칙 13에서 정하고 있으며, 연구시설 임차료는 공제 대상으로 규정된 비용에 해당하지 않음
*공구 또는 사무시기 및 통신기기, 시계・시험기기 및 계측기기, 광학기기 등
[사례2-연구소모품 및 특허실시권 설정비용]
◎ 사실관계
• 법인◇◇의 법인세 신고 시 연구에 사용되는 소모품인 시험용 가위, 보안경, 여과기 및 사무용품과 시험기기인 시험용 삼각 플라스크, 실린더, 비커 등에 대해 연구・인력개발비 세액공제를 ○○백만원 신청
또한 특허실시권 설정비용에 대하여도 연구・인력개발비 세액공제 ○억원 신청
◎ 쟁점사항
• 연구에 사용되는 소모품과 시험용기기, 특허실시권 설정비용이 연구・인력개발비 세액공제 대상인지 여부
◎ 부인사항
• 법인◇◇의 재료비 사용내역은 연구에 사용되는 소모품(시험용 가위, 보안경, 여과기 및 사무용품 등) 및 시험기기(시험용 삼각 플라스크, 실린더, 비커 등)으로 조특령 [별표6]에 열거된 항목이 아닌 바, 연구・인력개발비 세액공제 불인정
또한 특허실시권은 타인의 특허를 대여하는 비용 또한 조특령 [별표6]에 열거된 항목이 아니므로 연구・인력개발비 세액공제 불인정
[사례3-물품구매계약에 따라 납품한 물품]
◎ 사실관계
• 법인◇◇는 고객사인 법인△△와 ○○설비 물품구매계약을 체결하여 개발・제작 후 납품 완료한 설비장치를 시제품으로 보아 투입된 인건비 및 재료비 세액공제 신청
• 당사가 제작하는 ○○설비는 맞춤형 고사양 설비로 다수제작이 불가능하며 제작된 단일 시제품은 개발과정 중 상세 설계 내역을 고객사와 협의하고 고객사의 조건을 충족하면 납품 진행함
◎ 쟁점사항
• 연구개발 후 납품 완료된 제품을 연구・인력개발비 세액공제 대상인 시제품(견본품)으로 보아 관련 재료비가 공제대상이 되는지 여부
◎ 부인사항
• 물품구매계약에 따라 특정설비를 시행착오를 거쳐 개발・제작하는 일련의 활동은 자체 연구 개발활동으로 보아 연구원의 인건비는 연구・인력개발비 세액공제가 가능할 것이나,
• 고객사의 요구사항 및 납품사양에 대한 기준을 반영한 물품구매계약에 따라 제작된 시제품을 납품하는 경우, 본 시제품은 완제품이자 목적물에 해당하여 통상적인 시제품으로 볼 수 없어 관련 재료비를 공제 불인정
*연구인력개발비 세액공제 대상이 되는 재료비란 전담부서등에서 연구용으로 사용하는 견본품・부품・원재료와 시약류 구입비 등으로 규정하고 있음
[사례4-양산품 제조비용이 포함된 재료비]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇는 산업용 동력장치 개발 관련 시제품 제작 활동을 수행하면서, 원자재 ○톤 구매비용을 연구개발 재료비로 분류하여 연구・인력개발비 세액공제 ○억원 신청
◎ 쟁점사항
• 양산품 제조비용이 포함된 재료비 내역이 연구・인력개발비 세액공제 대상인지 여부
◎ 부인사항
• 법인 ◇◇가 수행한 동력장치 개발은 세액공제 대상 연구개발 활동에 해당하나,
• 관련 분야 신제품 출시에 필요한 일반적인 시제품 수량 대비 원자재 용량이 과다하여 확인한 바,양산품 생산에 소요되는 원자재 및 부속품을 포함하여 신청한 사실 확인되어 양산품 제작 관련 재료비 불인정
[사례5-원재료 및 시제품 등의 부가가치세]
◎ 사실관계
• 법인◇◇는 ♧♧연구・개발활동에 투입되는 재료비 ○억원에 대해 연구・인력개발비 세액공제 신청
- 당사의 신청 재료비에는 원재료・시약류구입비와 이에 대한 부가가치세액 매입세액이 포함되어 있음
◎ 쟁점사항
• 연구에 사용되는 원재료 구매 및 시제품 제작 시 발생한 부가가치세 매입세액이 연구・인력개발비 세액공제 대상인지 여부
◎ 부인사항
• 재화나 용역을 공급받아 부담한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제받거나 환급받으므로 손금산입 불가(필요경비 불산입)
• 조특법 10의 연구・인력개발비 세액공제는 ‘내국인이 연구개발 및 인력개발에 지출한 비용’에 대하여 적용되므로, 실질적으로 지출하지 않은 부가가치세 매입세액에 대해서는 연구・인력개발비 세액공제 불인정
02. 위탁 및 공동연구개발비
[사례1-산학협력단에 지급한 선급금인 위탁개발비]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇는 20X0년 말부터 △△대학교 산학협력단에 연구개발용역을 위탁하면서 선급금 ○억 원 지급
-선급금 ○억 원 전액을 20X0년 위탁개발비로 연구・인력개발비 세액공제 신청
◎ 쟁점사항
• 산학협력단에 지급한 선급금 ○억 원이 지급시점인 20X0년 연구・인력개발비 세액공제 대상인지 여부
◎ 부인사항
• 위・수탁계약서 확인한 바 계약기간(20X0.12월~11월)로 확인되어 비용을 연구활동 기간별로 안분하고, 선급금 해당액에 대해 연구・인력개발비 세액공제 불인정
• 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만이 연구・인력개발비 세액공제 대상에 해당
[사례2-전담부서가 아닌 기관에 대한 위탁개발비]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇은 연구기관이나 전담부서로 등록되지 않은 법인 △△에 연구과제 개발을 위탁함
• 법인 ◇◇은 법인 △△에 대해 지출한 위탁개발비에 대하여 세액공제 ○억원 신청
◎ 쟁점사항
• 연구기관 또는 전담부서가 아닌 업체에 지급한 위탁개발비가 연구・인력개발비 세액공제 대상인지 여부
◎ 부인사항
• 조특령 [별표6]은 연구기관 또는 전담부서로 등록되어 있는 자에 대한 위탁개발비만을 공제 대상으로 규정하고 있고
- 수탁법인 △△은 전담부서등을 등록하지 않은 법인으로 공제 요건을 충족하지 못하여 공제 불가능
• 법인 ◇◇이 쟁점 법인에 지급한 위탁개발비 ○억원을 연구・인력개발비 세액공제 불인정
[사례3-자체연구개발과 수탁연구개발을 함께 수행]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇는 연구전담부서에서 자체연구개발과 수탁연구개발을 함께 수행하고 있음0
• 법인 ◇◇는 자체연구개발과 수탁연구개발에 투입되는 공통 지출 연구개발비용을 세액공제 대상으로 보아 연구・인력개발비 세액공제 신청
◎ 쟁점사항
• 자체연구개발비용과 수탁연구개발비용에 공통 지출한 연구개발비용의 세액공제 적정 여부
◎ 부인사항
• 연구개발전담부서에서 자체연구개발과 수탁연구개발을 함께 수행하는 경우 수탁연구개발 관련 비용은 타인으로부터 받은 연구개발용역을 수행하는 자의 인건비로 지출하는 비용에 해당하여 세액공제 적용 불가능
• 따라서 수탁연구개발과 자체연구개발의 수행기간・투입시간 등 합리적인 방법으로 안분하여 자체연구개발에 투입된 인건비에 한하여 세액공제 가능
03. 인력개발비
[사례1-퇴사하여 환급받은 청년재직자 내일채움 공제]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇는 「중소기업 인력지원 특별법」 제35조의2에 의해 핵심인력 ○명에 대해 성과보상기금(청년재직자 내일채움공제) 가입하고 회사 불입금 ○○백만원에 대해 인력개발비로 세액공제 신청하였으나
- 핵심인력 ○명의 퇴사로 인해 중도 해지하고 성과 보상기금 ○백만원을 환급받음
◎ 쟁점사항
• 중도 해지로 환급받은 성과보상기금 ○백만원이 연구・인력개발비 세액공제 대상에 해당되는지 여부
◎ 부인사항
• 중소기업 핵심인력 성과보상기금에 가입한 후 5년 이내에 중도해지를 이유로 환급받은 금액은 연구 및 인력개발비에 해당하지 않아 세액공제 불인정
[사례2-특수관계인에 대한 내일채움공제 납입액]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇는 자사직원 갑에 대한 내일채움공제를 가입하고 기업 기여금을 중소벤처기업부에 납입함
• 직원 갑은 법인 ◇◇의 최대주주이자 대표인 을과 특수관계에 해당하는 자로 법인 ◇◇의 사업장에서 실제 근무하고 있음
◎ 쟁점사항
• 법인대표의 특수관계인에 대한 내일채움공제 기여금 납입액이 연구・인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부
◎ 부인사항
• 조특칙 7⑩4호는 중소기업인력지원특별법에 따라 중소기업 핵심인력 성과보상기금(내일채움공제)에 납입하는 비용을 연구・인력개발비 세액공제 대상으로 하고 있으나
-중도해지하여 법인이 환급받은 금액과 해당 기업의 최대주주나 최대출자자와 그 배우자, 이들의 특수관계인에 대한 금액은 공제 대상에서 제외하고 있음
• 직원 갑은 실제 회사에서 근무하고 내일채움공제 또한 납입하였음이 확인되나 해당 법인의 최대주주인 법인대표 을과 특수관계이므로 갑에 대한 내일채움공제 기업 기여금 납입액은 인력개발비로 불인정
[사례3-연구원 아닌 대표이사의 교육훈련비용 ]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇의 연구전담요원이 아닌 대표이사가 사업의 방향을 정하는데 참고하기 위해 주력 연구 분야 관련 교육에 참석
-해당 교육 참가비, 왕복 교통비 등을 인력개발비 항목으로 법인세 신고 시 연구・인력개발비 세액공제 신청
◎ 쟁점사항
• 연구원 아닌 대표이사의 교육 참석비용을 연구・인력개발비 세액공제 대상인 인력개발을 위한 비용으로 볼 수 있는지 여부
◎ 부인사항
• 해당 교육 관련 지출비용은 조특령 [별표 6]에 열거된 연구・인력개발비 세액공제 대상 인력개발비 항목 중 전담부서 등 연구업무에 종사하는 연구요원에 한하여 공제가 되는 위탁교육훈련비이므로
- 대표이사가 교육받은 부분은 공제 불가하여 세액공제 불인정
「연구·인력개발비 세액공제」불인정 사례_연구개발활동
01. 연구개발 활동
[사례1-고객사 의뢰 양산준비 활동]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇는 고객사로부터 신규부품 양산 의뢰를 받아,
- 고객사로부터 도면을 입수하여 양산타당성 검증 및 견적서 발행을 진행하고, 고객사의 진행승인에 따라 금형 제작, 초품 생산하여 검증 후 고객사의 승인을 받는 등 양산 준비단계 활동을 하고 있음
- 관련 연구원의 인건비와 금형 제작 및 생산설비 비용을 포함한 재료비에 대해 연구・인력개발비 세액공제 신청
◎ 쟁점사항
• 고객사로부터 부품 생산 의뢰받아 납품하기 위한 양산준비단계 활동이 연구・인력개발비 세액공제 대상에 해당되는지 여부
◎ 부인사항
• 법인 ◇◇가 고객사로부터 부품 생산 의뢰받아 납품하기 위한 양산준비단계 활동은 연구・개발 활동에 해당하지 않으므로 연구・개발활동 불인정
[사례2-반복적인 정보수집 활동]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇는 빅데이터 러닝머신 연구개발에 참여한 전담 연구원의 인건비 ○억원에 대해 연구・인력개발비 세액공제 신청
◎ 쟁점사항
• 연구기간동안 자료(정보) 수집 활동만 있는 경우 연구・개발활동에 해당하는지 여부
◎ 부인사항
• 지식 습득을 위한 정보수집 활동과 사례・시장 조사와 같은 활동은 연구개발 활동에서 제외됨
• 제출한 연구목표와 주요 연구 내용 간에 연관성이 없으며 연구 과정 중 다양한 아이디어 및 개발방향 도출 작업이 진행되지 않았고, 후속 연구개발 계획이 없어
- 신규성, 창의성, 불확실성, 체계성을 판단할 수 없으므로 연구개발 활동으로 불인정
[사례3-과거 연구개발 활동을 세액공제 증빙자료로 제출]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇는 열처리 설비 관련 연구의 수행사실을 증빙하기 위해 관련 연구보고서, 회의록 및 도면 등 서류를 제출
• 서류 내 회의록, 도면 및 거래처 견적서 작성일자가 당해 연도가 아니었으나, 관련 연구원의 인건비에 대해 연구・인력개발비 세액공제 ○억 원 신청
◎ 쟁점사항
• 과거 연구・개발활동이 당해 연도에 공제되는 연구・인력개발비 세액공제 대상에 해당되는지 여부
◎ 부인사항
• 법인 ◇◇가 제출한 활동 내용은 세액공제 대상 연구개발 활동에 해당하나, 과거에 이미 진행 완료한 연구 활동들로 확인되어 당해 연도 연구・인력개발비 세액공제 대상으로 불인정
[사례4-국가R&D 연구개발 내용 복제 및 재현]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇는 반도체 검사용 부품을 개발 중이나 해당 내용은 국가R&D 과제로 법인△△이 이미 개발 완료한 사항임
• 최종보고서는 공개용으로 법인 ◇◇는 해당 보고서 내용을 복제하여 연구개발 보고서로 제출함
◎ 쟁점사항
• 공개된 국가 R&D 결과물을 활용하여 연구내용을 재현하고, 보고서를 복제하여 제출한 활동이 연구개발 세액공제 가능한 연구・개발활동인지 여부
◎ 부인사항
• 국가 R&D과제로 타 업체가 이미 수행하여 결과가 공개된 기존 연구 내용을 재현 및 복제한 활동은 과학・기술적 진전을 위한 자체 연구개발로 불인정
[사례5-공개된 기술을 이용한 재료개발]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇는 ○○세정제를 개발하여 도매상 법인 △△를 통해 불특정 소비자에게 판매하였고, 개발한 세정제 구성은 선행특허와 유사도가 높고 연구자료를 통해 개발과정이 소명되지 않았음
• 법인 ◇◇는 연구개발전담부서 연구원 ○명의 인건비 및 재료비 ○억원을 연구・인력개발비 세액공제 신청
◎ 쟁점사항
• 선행기술과 유사한 재료 개발이 연구・개발활동에 해당되는지 여부
◎ 부인사항
• 신청법인이 개발한 제품의 구성은 공개된 기술을 이용하여 용이하게 구현할 수 있는 수준에서 기술적 진전이 이루어지지 않았고,
• 기술의 불확실성을 해소하기 위한 시행착오 및 체계적인 개발과정이 확인되지 않아 연구・개발활동으로 불인정
[사례6-타사 문헌을 인용한 연구개발 활동]
◎ 사실관계
• 법인 ◇◇는 인공지능에 기반한 ○○기법을 연구개발 하고자 지출한 인건비에 ○억원 대한 연구・인력개발비 세액공제 신청
-제출한 연구보고서는 인터넷 사이트에 있는 타사의 문헌을 단순 인용하여 작성한 것으로 확인됨
◎ 쟁점사항
• 제출한 자료(연구개발 주요성과 등)의 대부분이 타사의 문헌을 인용하여 작성된 경우, 연구・개발활동에 해당하는지 여부
◎ 부인사항
• 자사 또는 타사의 과거 발행된 문헌을 단순 인용하는 경우는 신규성 및 독창성을 확인할 수 없으며 과학적 또는 기술적 진전을 인정 할 수 없어 연구・개발활동 불인정
「연구·인력개발비 세액공제」인정 사례_자체연구개발비 외
□ 자체 연구개발 활동관련
[사례1-개발 경력을 보유한 비전공 전담요원의 인건비]
◎ 사실관계
• ㈜AA는 소프트웨어를 연구개발하는 법인으로 연구전담부서를 등록후 새로운 연구과제를 수행하고 있음
• 전담연구원 중 갑과 을은 소프트웨어와 무관한 학과를 졸업하였으나, 소프트웨어 관련 경력이 있는 연구원으로 확인됨
◎ 쟁점사항
• 소프트웨어 관련 학과를 졸업하지 않았으나, 실제 소프트웨어 경력 있는 전담 연구원 갑과 을의 인건비에 대해 연구․개발 세액공제 가능한 지 여부
◎ 심사결과
• 전담 연구원 갑과 을은 전공은 소프트웨어 개발과 무관하지만 소프트웨어 관련분야 경력이 있는 연구원으로 연구전담부서에서 연구에 직접 참여하는 전담연구원으로 확인되므로 세액공제를 인정
*세액공제 대상 인건비는 전담부서 등에서 근무하는 직원으로서 연구개발활동과 관련된 연구업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람의 인건비를 의미(조특칙 §7③)
[사례2-정부과제 수행 과정에서 기업이 부담한 민간부담금]
◎ 사실관계
• ㈜BB는 정부기관과 협약에 의거 국책연구과제를 수행하고 국가로부터 연구개발 국고보조금 ○○억 원을 수령함
• 국책과제를 수행하면서 정부출연금과 자체부담금을 지출한 비용 중 정부로부터 지급받은 출연금은 연구개발비 세액공제 배제하고, 민간부담금에 대해 연구․인력개발비 세액공제 사전심사 신청
◎ 쟁점사항
• 국책연구과제를 수행하면서 사용하는 비용 중 민간부담금의 연구․인력개발비 세액공제 대상의 범위
◎ 심사결과
• 연구개발 과정에서 자체부담금에 상당하는 금액이 세액공제 대상 비용의 지출에 해당하는 경우에는 연구․인력개발비 세액공제를 인정
*국가 등으로부터 연구개발출연금을 지급받아 연구개발비로 지출하는 경우 세액공제 대상에서 제외되나 기업이 부담한 민간부담금은 공제 가능(조특령 §9①)
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