우리 회사 R&D, 더 높은 세액공제율 적용받는 방법은? (신성장 원천기술 세액공제 A to Z)
Executive Summary
'신성장·원천기술 R&D 세액공제'는 일반 R&D 세액공제보다 월등히 높은 공제율(최대 40%)을 제공하여, 첨단 기술 기업의 세 부담을 획기적으로 줄여주는 제도입니다. 하지만 '전담 연구인력'과 '연구노트' 등 매우 엄격한 요건을 충족해야 하므로, 적용 가능성 판단부터 증빙 관리까지 CFO와 회계팀장의 철저한 사전 준비가 필수적입니다. 일반 R&D 세액공제 vs. 신성장·원천기술 세액공제, 무엇이 다른가?
두 제도는 중복 적용이 아닌, R&D 과제의 성격에 따라 구분하여 적용해야 합니다. 우리 회사에 어떤 제도가 더 유리하고 적합한지 파악하는 것이 첫걸음입니다.
구분 | 일반 연구·인력개발비 세액공제 | 신성장·원천기술 R&D 세액공제 |
핵심 개념 | 모든 산업 분야의 보편적 R&D 활동 | 국가가 지정한 특정 기술 분야의 R&D 활동 |
대표 공제율 | 중소기업 25% | 중소기업 30%~40% |
핵심 요건 | 기업부설연구소/전담부서에서 수행 | 신성장 기술 과제에만 '전담'하는 연구인력 |
1. 우리 기술이 '신성장·원천기술'에 해당되는지 확인하는 법
가장 먼저 우리 회사의 R&D 과제가 세법상 지정된 기술에 해당하는지 확인해야 합니다.
대상 기술 분야 (2024년 기준 14개 분야, 270개 기술)
미래형 자동차, 인공지능(AI), 차세대 S/W, 바이오헬스, 탄소중립, 항공우주 등 국가 전략 분야의 핵심 기술들이 포함됩니다.
확인 절차
1.
직접 확인: 법령 원문을 통해 우리 회사의 기술이 대상 목록에 있는지 직접 대조합니다.
2.
전문가 검토: 기술 분류가 모호하거나 해석의 여지가 있다면, 반드시 전문 회계사/세무사의 자문을 받아 리스크를 줄여야 합니다.
3.
사전 심의 (선택): 판단이 어려운 경우, 한국산업기술진흥원(KIAT)에 공식적으로 기술 심의를 요청할 수 있습니다. (의무사항 아님)
상세 정보: 법규 원문 확인•
신성장·원천기술: 「조세특례제한법 시행령」 [별표 7]
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국가전략기술: 「조세특례제한법 시행령」 [별표 7의2] (반도체, 2차전지, 백신 등 훨씬 높은 공제율 적용)
세액공제 신청 및 조사절차
1단계: 세액공제 신청서 제출 (기업 → 전담기관)
기업이 준비된 서류를 전담기관(한국산업기술진흥원 등)에 제출하며 모든 절차가 시작됩니다.
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필수 제출 서류:
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세액공제 신청서 (법정 서식)
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(신성장) 연구·인력개발비 명세서
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연구개발보고서, 연구노트 등 연구 활동 증빙자료 일체
전략/팁:
법정 서식 제출은 기본입니다. 당락을 결정하는 것은 '우리 회사의 R&D 활동이 왜 신성장 기술에 해당하는지'를 논리적으로 증명하는 연구 내용 증빙의 충실도에 달려있습니다. 2단계: 사전조사 (전담기관)
접수된 서류를 바탕으로 전담기관의 전문가(산업계, 학계, 연구계 등)로 구성된 사전조사단이 심층적인 검토를 진행합니다.
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주요 조사 활동:
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서면 검토: 제출된 서류의 논리적 완결성 및 형식 요건 검토
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발표 평가: 신청 기업 담당자가 R&D 내용 및 기대효과 발표, 질의응답
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현장 실사: 연구소 현장을 방문하여 연구 인력, 시설, 실제 연구 활동 여부 확인
3단계: 심의위원회 개최 (전담기관/산업부)
사전조사단의 검토 결과를 바탕으로, 분기별로 개최되는 심의위원회에서 최종 결정을 내립니다.
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핵심 역할:
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신청 기술의 신성장·원천기술 해당 여부 최종 판정
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세액공제 대상 금액의 적정성 심의 및 확정
4단계: 심의결과 통보 및 이의신청 (산업부 → 기업)
산업통상자원부는 심의 결과를 기업에 공식적으로 통보합니다.
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결과 통보: 심의 후 약 15일 이내에 기업으로 결과가 통보됩니다.
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이의 신청: 만약 결과에 동의하지 않을 경우, 통보받은 날로부터 30일 이내에 1회에 한해 이의신청이 가능합니다.
❗️ 주의/핵심: 전체 소요 기간
신청서 제출일이 속한 달의 말일부터 최종 결과 통보까지 통상 1년 이상이 소요됩니다.
2. 그래서, 공제율은 얼마나 높은가요?
기업 규모에 따라 기본 공제율에 추가 공제율(α)이 더해지는 구조입니다.
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중소기업: 30% + α (최대 40%)
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중견/대기업: 20% + α (최대 30%~40%)
추가 공제율(α) 계산식α = (해당연도 신성장 R&D 비용 / 해당연도 총 수입금액) × 3
(단, 10%를 한도로 함)
3. '인건비' 공제, 가장 까다로운 핵심 요건
인건비는 R&D 비용의 가장 큰 부분을 차지하지만, 신성장 세액공제에서는 아래와 같이 매우 엄격한 기준을 적용하므로 각별한 주의가 필요합니다.
❗️ 주의/위험: 전담 연구원 원칙
신성장 세액공제를 적용받는 연구원은 해당 과제에만 '전담'해야 합니다. 만약 해당 인력이 일반 R&D 과제를 동시에 수행한다면, 그 인력의 인건비 전액이 신성장 세액공제 대상에서 제외될 수 있습니다. (별도 조직으로 구분된 경우 등 예외 있음)
❗️ 주의/위험: 월별 참여율 100% 원칙
전담 연구원의 월별 참여율 합계가 100%를 충족해야 합니다. 예를 들어, 한 연구원이 A, B라는 2개의 신성장 과제를 수행할 때, 월별 참여율이 각각 50%, 40%로 합계가 90%라면 해당 월의 인건비는 공제받을 수 없습니다.
공제 제외 인건비 항목
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지배주주 및 특수관계인 인건비
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퇴직급여, 퇴직연금 부담금
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비과세 학자금 등 소득세법상 근로소득이 아닌 복리후생비
4. 실무자를 위한 Q&A
Q: 필수 서류는 무엇이며, 특히 중요한 것은?
❗️ 주의/위험: '연구노트'의 중요성
일반 R&D 세액공제와 달리, 신성장 세액공제는 법규상 연구노트 작성을 의무화하고 있습니다. 과세당국은 연구원이 '언제, 어떤 연구를, 얼마나 수행했는지'를 증명하는 구체적인 기록인 연구노트를 통해 '전담' 여부를 판단합니다. 연구개발계획서, 보고서와 함께 가장 중요한 증빙입니다.
Q: 일반 R&D와 공통으로 사용된 비용은 어떻게 처리하나요?
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인건비, 위탁개발비: 원칙적으로 전액 일반 연구·인력개발비로 처리해야 합니다.
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재료비 등 기타 비용: 인건비 비율 등 합리적인 기준으로 안분하여 각각 공제 신청이 가능합니다. (2019.1.1 이후 발생분부터)
5. 기술 사업화를 위한 '시설투자' 세액공제
신성장 기술을 통해 개발된 제품을 양산하기 위한 시설 투자도 세액공제를 받을 수 있습니다.
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공제율: 중소기업 10%, 중견기업 7%, 대기업 5%
❗️ 주의/위험: 사후관리 요건
이 공제는 까다로운 사후관리 요건이 따릅니다.
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고용 유지: 상시근로자 수가 감소하면 공제액이 추징될 수 있습니다. (1인당 1천만원)
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자산 유지: 투자 완료 후 3년 내에 해당 자산을 다른 목적으로 사용하면 공제액이 추징됩니다.
CEO와 회계팀장을 위한 최종 체크리스트
기술 적격성 검토: 우리 회사의 R&D 과제가 법령상 신성장·원천기술 목록에 포함되는지 명확히 확인하였는가?
전담 인력 관리: 신성장 R&D '전담' 인력을 인사명령 등을 통해 명확히 구분하고, 월별 참여율(100%)을 체계적으로 관리하고 있는가?
증빙 시스템 구축: 과제별 연구노트, 계획서, 보고서를 상시적으로 작성하고 비치하는 시스템을 갖추었는가?
세무 리스크 최소화: 공제 신청 전, 인건비와 공통경비 배분 등 복잡한 이슈에 대해 전문 회계사의 검토를 거쳤는가?
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