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연구개발비 세액공제 실무 가이드북

Published On

2025/06/11

Author

조용립 회계사

연구개발비 세액공제 실무 가이드북_2025.06

우리회계법인 스타트업 솔루션 그룹

조용립 회계사

머리말

기업의 미래 성장 동력은 기술 혁신에 있으며, 그 중심에는 연구개발(R&D) 투자가 있습니다. 정부는 기업의 R&D 투자를 장려하기 위해 다양한 정책을 시행하고 있으며, 그중 '연구·인력개발비 세액공제'는 가장 직접적이고 강력한 조세지원 제도입니다. 하지만 복잡한 법 규정과 매년 바뀌는 개정세법, 까다로운 사후관리 요건 때문에 많은 기업이 혜택을 온전히 누리지 못하거나, 잘못된 적용으로 인해 오히려 세무 리스크에 노출되기도 합니다.

본 가이드북은 조세특례제한법상 '연구·인력개발비 세액공제' 제도를 실무에 적용하는 과정에서 회계 담당자들이 겪는 어려움을 해소하고자 제작되었습니다. 20년 경력의 회계,세무 컨설턴트로서 방대한 법규와 예규, 판례를 실무적 관점에서 분석하고, 기업의 회계팀장 및 실무 담당자가 '무엇을(What-to-do)'과 '어떻게(How-to-do)'에 대한 명확한 해답을 얻을 수 있도록 구성했습니다.

단순한 법 조항의 나열을 넘어, R&D 활동의 기획 단계부터 비용 집계, 세액공제 신청, 그리고 과세당국의 사후검증 대응까지 전 과정에 걸친 구체적인 업무 기준과 실행 전략을 제시합니다. 본 가이드를 통해 귀사의 R&D 투자가 정당한 세제 혜택으로 이어지고, 나아가 안정적인 성장 기반을 다지는 데 기여할 수 있기를 바랍니다.

제1장: 연구개발비 세액공제 개요

1-1. 제도의 이해: 왜 가장 중요한 세액공제인가?

법인세법에는 다양한 공제·감면 제도가 존재하지만, 연구개발비 세액공제는 아래와 같은 특징 때문에 기업에게 가장 중요한 조세지원 항목으로 꼽힙니다.

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직접적인 절세 효과: 산출된 법인세에서 비용의 일정률을 '세액' 자체에서 차감하므로, 손금산입(비용 인정)보다 훨씬 강력하고 직접적인 절세 효과를 가집니다.

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폭넓은 적용 대상: 특정 산업이나 기업 규모에 국한되지 않고, R&D 활동을 수행하는 모든 내국법인(및 개인사업자)이 적용받을 수 있습니다.

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최저한세 적용 배제 (중소기업): 중소기업의 경우, 연구개발비 세액공제액은 최저한세(납부해야 할 최소한의 세금)의 적용을 받지 않습니다. 즉, 산출세액이 없더라도 R&D 세액공제만으로 납부할 세액이 0원이 될 수 있습니다. (일반 기업은 최저한세 적용 대상)

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이월 공제 가능: 당해 연도에 납부할 세금이 없거나 최저한세 규정 때문에 공제받지 못한 세액은 10년간 이월하여 공제받을 수 있어, 장기적인 자금 계획에 유리합니다.

[법적 근거] 본 세액공제의 주요 법적 근거는 「조세특례제한법」 제10조 (연구·인력개발비에 대한 세액공제) 및 동법 시행령 제9조, 시행규칙 제7조입니다. 법령의 개정이 잦으므로, 매년 개정세법의 내용을 반드시 확인해야 합니다.

1-2. 세액공제 계산 구조의 선택

세액공제액은 아래 두 가지 방법 중 기업에 유리한 한 가지를 선택하여 계산할 수 있습니다. 매년 R&D 지출 규모가 변동하는 기업이라면 어떤 방식이 유리할지 반드시 시뮬레이션해야 합니다.

계산 방식	계산식	특징 및 유의사항
1. 당기분 방식 (총액법)	당기 발생 R&D 비용 × 기본 공제율 (+ 추가 공제)	- R&D 비용이 꾸준히 발생하거나 감소하는 기업에 유리- 계산이 간편하고 직관적임- 일반 R&D, 신성장·원천기술, 국가전략기술 비용을 각각 구분하여 해당 공제율을 적용해야 함
2. 증가분 방식	(당기 발생 R&D 비용 - 직전 과세연도 발생 R&D 비용) × 공제율	- R&D 비용이 전년 대비 '증가'한 경우에만 적용 가능- 당기분 방식보다 높은 공제율(중소기업 50%, 중견/일반 40%)이 적용되어, R&D 투자를 급격히 늘린 기업에 매우 유리함- 직전 연도 발생액이 없는 경우(신규 사업 등)에는 적용 불가

[실무 Tip] 회계팀은 연말 결산 시, 반드시 두 가지 방법으로 세액공제액을 모두 계산해보고 더 큰 금액이 나오는 방식을 선택하여 신고해야 합니다. R&D 비용이 전년 대비 소폭이라도 증가했다면 증가분 방식이 더 유리할 가능성이 높습니다.

1-3. 핵심 용어의 실무적 정의

세법에서 사용하는 용어는 일상 용어와 의미가 다를 수 있습니다. 정확한 개념 이해는 잘못된 비용 집계를 막는 첫걸음입니다.

용어	정의 (조세특례제한법 시행령 제8조)	실무적 해설 및 적용 범위
연구개발 (R&D)	과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달 체계를 개발하기 위한 활동	'과학적/기술적 불확실성'을 해소하고, '새로운 지식'을 얻기 위한 체계적인 활동을 의미합니다. 단순히 기존 기술을 활용하여 제품을 만드는 것은 R&D가 아닙니다. (예) 알려지지 않은 새로운 알고리즘 개발 (O) / 기존 알고리즘을 활용한 앱 기능 추가 (X)
자체연구개발	연구개발 전담부서 등에서 근무하는 자가 수행하는 연구개발 활동	KOITA에 등록된 연구소/전담부서 소속의 연구전담요원이 수행하는 R&D 활동이 핵심입니다. 조직, 인력, 활동 모두가 요건을 충족해야 합니다.
위탁·공동연구개발	국내외 기관에 기술 개발 용역을 위탁하거나, 공동으로 연구를 수행하는 활동	외부의 전문성을 활용하는 R&D 방식입니다. 계약서의 내용(연구과제, 범위, 비용 등)이 매우 중요하며, 위탁받은 기관이 적격 기관인지(대학, 정부출연연구소 등) 확인해야 합니다.
신성장·원천기술	차세대 성장 동력 확보를 위해 정부가 지정한 13개 분야, 260개 하위 기술 관련 R&D (조특법 시행령 [별표 7])	일반 R&D보다 높은 공제율(30~40%)이 적용됩니다. [별표 7] 목록을 하나하나 대조하여 우리 회사의 기술이 해당하는지 법무/특허팀과 함께 면밀히 검토해야 합니다. 기술 해당 여부가 불분명하면 '사전심사' 제도를 활용할 수 있습니다.
국가전략기술	반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이 등 국가 경제와 안보에 핵심적인 기술 분야 관련 R&D (조특법 시행령 [별표 7의2])	가장 높은 공제율(40~50%)이 적용되는 핵심 기술입니다. [별표 7의2]에 명시된 기술 및 시설에 정확히 부합해야 하므로, 매우 엄격한 기준의 검토가 필요합니다.

제2장: 세액공제 적용 대상 R&D 활동의 식별

세액공제의 성패는 '우리 회사의 어떤 활동이 세법상 R&D인가'를 증명하는 것에서 시작됩니다. 과세당국은 KOITA 인증서만으로 R&D 활동을 인정해주지 않습니다. '실질과세의 원칙'에 따라 실제 수행한 활동의 내용을 면밀히 검토합니다.

2-1. 인적·물적 요건: R&D를 위한 기본 틀

세법상 R&D 활동으로 인정받기 위해서는 공인된 조직과 인력, 공간을 갖추는 것이 기본입니다.

(1) 인적 요건: '누가' 연구하는가?

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핵심 조직: 기업부설연구소 / 연구개발전담부서

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설립 및 유지: 과학기술정보통신부의 위탁을 받은 한국산업기술진흥협회(KOITA)에 설립 신고하고 인정을 받아야 합니다. 한번 인정받고 끝나는 것이 아니라, 인력/공간 변경 시마다 신고 의무가 있으며, 매년 연구개발활동조사표를 제출하는 등 지속적인 관리가 필수입니다.

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연구전담요원의 자격: 아무나 연구원으로 등록할 수 없습니다. 아래와 같은 법정 자격을 갖춘 인력만이 전담요원이 될 수 있습니다.

자격 기준	세부 요건 (예시)
학위 기준 (기본)	- (중소기업) 자연계 분야 전문학사 이상, 국가기술자격법상 기술·기능 분야 산업기사 이상- (중견/일반기업) 자연계 분야 학사 이상
경력 기준 (중소기업)	- 마이스터고/특성화고 졸업 후 3년 이상 연구 경력- 기능사 자격증 소지 후 3년 이상 연구 경력
디자인/SW 분야	- 디자인, 멀티미디어 등 분야 학위 소지자 또는 경력자- SW 개발 관련 경력자 (정보처리 분야 산업기사 등)

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가장 중요한 원칙: 연구 활동에만 전념 (겸직 금지)

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연구전담요원은 연구 활동 외 다른 업무를 겸직할 수 없음이 원칙입니다. 만약 연구원이 생산, 품질관리, 영업, 구매 등 다른 업무를 겸직한 사실이 확인되면 해당 인력의 인건비 전액이 공제 대상에서 제외됩니다.

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예외적 허용: 창업 3년 미만 소기업의 대표이사, 연구와 관련된 지식재산권(IP) 관리 업무 등 일부 예외는 있으나 매우 제한적이므로 신중하게 적용해야 합니다.

(2) 물적 요건: '어디서' 연구하는가?

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독립된 연구 공간: 다른 부서(사무실, 생산 현장 등)와 칸막이, 파티션, 별도 출입문 등으로 명확히 구분된 물리적 공간을 확보해야 합니다.

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연구 기자재: 연구과제를 수행하는 데 필요한 전용 연구 장비 및 시설을 구비하고, 그 목록을 관리해야 합니다. (예: 실험도구, 측정장비, 설계용 고사양 컴퓨터 등)

[실무 최전선: 과세당국은 무엇을 확인하는가?] 세무조사 시, 조사관은 아래 사항을 반드시 확인합니다. 1. 인사기록카드 및 조직도: 연구원이 실제로 연구소 소속인지, 다른 부서 업무를 겸했는지 확인 2. 급여대장 및 업무분장표: 연구원의 직책과 실제 수행 업무의 일치 여부 확인 3. 현장 실사: 연구소의 물리적 독립성, 연구 기자재 보유 현황을 직접 눈으로 확인 4. 연구원 인터뷰: 해당 연구원이 어떤 연구 과제를 수행했는지 직접 질문하여 답변의 신빙성을 검증

1. 인사기록카드 및 조직도: 연구원이 실제로 연구소 소속인지, 다른 부서 업무를 겸했는지 확인

2. 급여대장 및 업무분장표: 연구원의 직책과 실제 수행 업무의 일치 여부 확인

3. 현장 실사: 연구소의 물리적 독립성, 연구 기자재 보유 현황을 직접 눈으로 확인

4. 연구원 인터뷰: 해당 연구원이 어떤 연구 과제를 수행했는지 직접 질문하여 답변의 신빙성을 검증

2-2. 활동 요건: '무엇을' 연구하는가?

인적, 물적 요건이 갖춰졌다면, 이제 그 안에서 수행된 활동이 세법상 R&D인지 판단해야 합니다.

(1) 연구개발에 '해당하는' 활동 (Positive List)

구분	핵심 개념	구체적인 활동 예시
제품/기술 개발	새로운 것을 만들거나, 기존 것을 '현저하게' 개선하는 활동	- 시장에 없던 신제품의 시제품(Prototype) 제작 및 성능 테스트- 기존 제품의 원가를 30% 절감하는 새로운 생산 공법 개발- 반도체 수율을 10% 이상 향상시키는 신소재 적용 연구
소프트웨어 개발	컴퓨터/정보통신 기술(ICT) 분야의 기술적 진보를 이루는 SW 개발	- 인공지능(AI) 기반의 새로운 추천 알고리즘 개발- 클라우드 환경에서 작동하는 새로운 SaaS(서비스형 소프트웨어) 플랫폼 구축- 기존에 없던 기능을 구현하는 임베디드 소프트웨어 개발
서비스 개발	새로운 비즈니스 모델이나 서비스 전달 방식을 고안하고 개발하는 활동	- 빅데이터 분석을 통한 새로운 개인 맞춤형 금융 상품 설계- 드론을 활용한 실시간 배송 추적 및 관리 시스템 개발- 블록체인 기술을 이용한 새로운 형태의 인증 서비스 개발

(2) 연구개발에 '해당하지 않는' 활동 (Negative List)

아래 활동들은 R&D 활동과 혼동하기 쉬우나, 세액공제 대상에서 명확히 제외됩니다. 비용 집계 시 반드시 제외해야 합니다.

구분	핵심 개념	실수하기 쉬운 활동 예시 (공제 불가)
일상적/반복적 활동	기술적 불확실성이나 진보 없이, 정해진 절차에 따라 수행되는 활동	- 생산된 제품이 규격에 맞는지 확인하는 일상적인 품질관리(QC)- 경쟁사 제품을 분해하고 분석하는 활동 (리버스 엔지니어링)- 고객사에 기술 지원 및 AS 제공 활동
심미적 개선	기술적 개선이 아닌, 외관이나 디자인을 바꾸는 활동	- 제품의 색상, 모양, 포장을 변경하는 디자인 개선- 웹사이트의 UI/UX를 단순히 예쁘게 리뉴얼하는 작업- 광고, 홍보물 제작
생산/영업 활동	개발이 완료된 후, 양산 및 판매와 직접적으로 관련된 활동	- 양산 라인의 설비를 증설하거나 배치 최적화- 고객의 요청에 따른 단순한 규격 변경이나 맞춤 설정 (Customizing)- 시장 조사, 수요 예측, 마케팅 전략 수립
인문사회 분야 연구	과학기술 분야가 아닌 인문/사회과학 분야의 연구 활동	- 조직 효율성 증대를 위한 경영 전략 연구- 소비자 만족도 조사 및 통계 분석

2-3. 모든 과정의 증거: 연구개발 문서화의 중요성

'우리는 R&D를 했다'는 주장은 객관적인 문서로 뒷받침되어야 합니다. 문서는 세무조사 시 회사를 방어하는 가장 강력한 무기입니다.

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필수 문서 리스트:

연구개발계획서: 과제명, 연구 목표, 기간, 참여인력, 소요 예산 등을 사전에 구체적으로 작성

연구노트 (매우 중요): 연구 과정에서 수행한 실험 내용, 데이터, 결과, 실패 원인 분석 등을 시간 순서대로 상세히 기록한 공식 문서

연구개발보고서: 과제 종료 후, 계획 대비 실적, 성과, 결론, 향후 계획 등을 정리한 결과 보고서

기타: 품의서, 지출결의서, 회의록, 이메일 등 연구 활동과 관련된 모든 기록

[컨설턴트의 조언] 회계팀은 연구소에 문서 작성을 단순히 요청하는 데 그치지 말고, 세무 증빙 관점에서 필요한 항목(날짜, 작성자, 과제명, 구체적 활동 내용 등)이 포함되도록 가이드를 제공하고 정기적으로 이행 여부를 점검해야 합니다. 개발이 끝나고 2~3년 뒤에 세무조사가 나왔을 때, 기억에 의존하여 자료를 만들 수는 없습니다. '기록이 없으면, R&D도 없다'는 생각으로 임해야 합니다.

제3장: 대상 비용의 구체적 범위 및 계산 방법

연구개발비 세액공제의 핵심은 '어떤 비용을, 얼마까지, 어떻게' 공제 대상에 포함시킬 것인지를 결정하는 것입니다. 이 장에서는 세법(조세특례제한법 시행령 [별표 6])에서 열거하는 비용 항목들을 하나씩 분해하여, 회계팀이 실무에서 적용할 수 있는 구체적인 기준과 방법을 제시합니다.

비용 집계의 대원칙은 '연구개발 활동을 위해 배타적으로 사용된 비용' 만을 포함하는 것입니다. 다른 목적(생산, 영업, 관리 등)과 공통으로 사용된 비용은 원칙적으로 제외되며, 일부 예외적인 경우에만 합리적인 기준에 따라 안분 계산할 수 있습니다.

3-1. 자체연구개발 비용

회사 내부의 연구소 또는 전담부서에서 직접 수행하는 R&D 활동에 투입된 비용입니다.

인건비 (가장 중요하고 분쟁이 잦은 항목)

연구개발비 중 가장 큰 비중을 차지하며, 과세당국의 검증이 가장 집중되는 항목입니다.

(1) 공제 대상 인력

구분	대상 인력	공제 가능 기업	실무상 유의사항
핵심 인력	연구전담요원 (KOITA 등록 필수)	모든 기업	• 겸직 절대 금지가 대원칙.• 연구 외 업무(생산 지원, 영업 동행, 품질관리 등) 수행 시 해당 인건비 전액이 부인될 수 있음.
지원 인력	연구 활동을 직접적으로 지원하는 자(예: 연구 보조, 실험 데이터 정리 등)	중소기업만 해당	• 연구소/전담부서 소속이어야 하며, 지원 업무가 주된 업무임을 입증해야 함.• 총무, 회계 등 간접 지원 부서 인력은 해당 없음.
기타	부서장 등 관리자	모든 기업	• 해당 관리자가 연구전담요원 자격을 갖추고, 실제 연구과제에 참여 및 관리하는 경우에만 포함 가능.• 단순히 직책만 연구소장이고 실제 연구 활동이 없다면 포함 불가.

(2) 공제 대상 인건비의 범위

항목	포함 여부	세부 설명 및 실무 지침
기본급, 제수당	O	급여대장에 명시된 기본급, 직책수당, 연구수당 등은 당연히 포함됩니다.
상여금 (보너스)	△ (사안별 판단)	• (인정 O): 개인/팀의 연구 성과에 따라 지급되는 성과급• (불인정 X): 전사 이익 목표 달성에 따라 지급되는 이익분배금(PS) 성격의 상여금. 이는 연구개발의 대가라기보다 이익 처분의 성격이 강하기 때문입니다.
퇴직급여	X	• 퇴직금, 퇴직급여충당금 전입액: 공제 대상이 아닙니다. 퇴직 시점에 일시 지급되는 비용으로, 특정 연도의 연구 활동 대가로 보기 어렵습니다.
퇴직연금 부담금	△ (유형별 구분)	• (인정 O): 확정기여형(DC형) 퇴직연금 부담금. 회사가 납부하는 금액이 근로자 개인 계좌에 직접 귀속되므로 '급여의 후불' 성격으로 인정됩니다.• (불인정 X): 확정급여형(DB형) 퇴직연금 부담금. 회사의 자산으로 운용되므로 공제 대상이 아닙니다.
4대 보험료	O	회사가 부담하는 국민연금, 건강보험료, 고용보험료, 산재보험료 중 대상 인건비에 해당하는 금액은 포함됩니다.
주식매수선택권 (스톡옵션)	X	스톡옵션 행사 차익은 근로소득으로 과세되지만, 연구개발비 세액공제 대상 인건비에는 포함되지 않습니다.

[컨설턴트의 조언] 퇴직연금 DC형 vs DB형 회계팀은 우리 회사의 퇴직연금 제도가 DC형인지 DB형인지 반드시 확인해야 합니다. 만약 연구소 인력만 별도로 DC형을 운영한다면 해당 불입액을 공제 대상에 포함시킬 수 있습니다. 이는 놓치기 쉬우면서도 금액이 클 수 있는 항목입니다.

(3) 필수 증빙 서류

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인사: 연구소/전담부서 발령 인사명령서, 업무분장 기술서

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급여: 개인별 급여대장, 원천징수이행상황신고서, 퇴직연금 납입 증명서(DC형)

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활동: (가장 중요) 연구과제별 투입 시간을 기록한 업무일지(Time Sheet), 연구노트

재료비

연구개발 활동에 직접 사용되어 소모되는 원재료, 부품 등의 가액입니다.

(1) 공제 대상 재료비의 조건

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연구개발용: 해당 재료가 특정 연구개발 과제를 위해서만 투입되어야 합니다.

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소모성: 시제품 제작, 실험 과정 등에서 물리적으로 소모되거나, 완성된 시제품의 구성품이 되어야 합니다.

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구분관리: 양산용 자재와 명확히 구분하여 구매, 보관, 출고되어야 합니다.

(2) 실무상 판단 기준

구분	인정 (O)	불인정 (X)
목적	신제품 '시제품(Prototype)' 10개를 만들기 위한 부품	개발 완료 후 '초도 양산품' 100개를 만들기 위한 부품
관리	ERP상 별도의 'R&D 프로젝트 코드'로 출고된 자재	생산 라인 공통 자재 창고에서 출고된 자재
성격	신기술 테스트를 위해 소모되는 화학 약품	생산 설비의 유지보수를 위해 사용되는 윤활유

(3) 필수 증빙 서류

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구매: 세금계산서, 수입신고필증

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입고: 자재 입고/검수 보고서

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사용: (가장 중요) R&D 과제별 자재청구서(MRQ), 자재출고지시서, 재료비 수불부

[실무 Tip] R&D 자재 창고 규모가 있는 기업의 경우, 물리적으로 'R&D 전용 창고'를 분리하여 운영하는 것이 가장 확실한 증빙 방법입니다. 이것이 어렵다면 ERP 시스템 내에서라도 R&D용 자재 코드를 별도로 부여하고, 해당 코드로 입출고되는 모든 내역을 추적 관리해야 합니다.

전담부서 등이 사용하는 자산의 감가상각비

연구소/전담부서에서 연구개발을 위해 '배타적으로 사용'하는 유형자산(기계장치, 공구, 기구, 비품, 차량운반구 등)의 세법상 감가상각비 상당액입니다.

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대상 자산: 시험설비, 측정장비, 분석기기, 개발용 서버, 설계용 PC 등

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제외 자산: 토지, 건물, 건설중인 자산

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계산: 해당 자산의 세법상 내용연수에 따라 계산된 당기 감가상각비 금액

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필수 증빙: 고정자산대장(자산의 '사용부서'가 연구소로 명기되어야 함), 감가상각비 명세서

전담부서 등의 임차료 및 이용료

연구소/전담부서가 사용하는 공간이나 기자재를 임차하고 지불하는 비용입니다.

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대상: 연구소/전담부서가 사용하는 사무실/공장의 임차료, 연구용 기자재 리스료

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안분 계산:

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건물 전체를 임차하고 그중 일부 층/공간을 연구소로 사용하는 경우, 전체 면적 대비 연구소 사용 면적 비율로 안분하여 계산합니다.

◦

(예: 월 임차료 1,000만원, 총면적 1,000㎡, 연구소 면적 200㎡ → 1,000만원 × (200/1,000) = 200만원만 공제 대상)

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필수 증빙: 임대차(리스) 계약서, 세금계산서 수취 내역, 도면 등 면적 계산 근거

3-2. 위탁 및 공동연구개발 비용

기술, 장비, 인력 등의 한계로 R&D의 전부 또는 일부를 외부 기관에 맡기거나 공동으로 수행하는 경우 지급하는 비용입니다.

(1) 공제 대상 기관

구분	위탁/공동연구 수행 기관
국내 기관	• 대학 또는 사립 전문대학• 정부출연연구기관• 국내외 기업의 부설 연구소 또는 연구개발전담부서• 과학기술정보통신부에 등록된 연구개발서비스업자 등
해외 기관	• 해외 대학, 연구기관, 법인 (자연과학 분야 연구만 해당)

(2) 핵심 관리 포인트

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계약서의 중요성: '단순 용역' 계약이 아닌, '연구개발' 계약임을 명확히 해야 합니다. 계약서에 아래 내용이 반드시 포함되어야 합니다.

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연구과제의 명칭 및 목표

◦

연구의 범위, 내용, 수행 방법

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결과물의 소유권 (지식재산권 등)

◦

연구비 산정 및 지급 방법

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대가의 범위: 계약에 따른 용역 대가는 포함되나, 시설 투자나 기부금 성격의 지출은 제외됩니다.

(3) 필수 증빙 서류

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계약: 연구개발 위탁 계약서 (국문 및 영문)

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지출: 세금계산서(국내) 또는 Invoice(국외), 외화 송금 확인증

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결과: (가장 중요) 최종 연구개발 결과 보고서, 중간 보고서, 완료 보고서 등 결과물을 반드시 수령하고 보관해야 합니다. 결과물 없는 비용 지급은 부인될 확률이 매우 높습니다.

[사례로 보는 불인정 유형] • 사례: 해외 대학에 거액을 송금하고 '컨설팅 보고서'라는 제목의 한 장짜리 문서를 받음. • 결과: 과세당국은 이를 연구개발 위탁이 아닌 단순 자문으로 보아 세액공제 전액 부인. 계약 내용과 결과물이 연구개발의 실질을 갖추지 못했기 때문입니다.

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• 사례: 해외 대학에 거액을 송금하고 '컨설팅 보고서'라는 제목의 한 장짜리 문서를 받음.

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• 결과: 과세당국은 이를 연구개발 위탁이 아닌 단순 자문으로 보아 세액공제 전액 부인. 계약 내용과 결과물이 연구개발의 실질을 갖추지 못했기 때문입니다.

제4장: 세액공제 신청 절차 및 필요 서류

지금까지 식별한 R&D 활동과 정확히 집계한 비용을 바탕으로, 이제 법인세 신고 시 세액공제를 신청하는 구체적인 절차를 알아봅니다. 정확한 서류 작성은 세무 행정의 기본이며, 불필요한 소명 요청을 줄이는 첫걸음입니다.

4-1. 신청 시기 및 절차

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신청 시기: R&D 비용이 발생한 과세연도의 법인세 과세표준 신고 시 함께 제출합니다.

◦

(예: 12월 말 법인의 경우, 다음 해 3월 31일까지 법인세 신고 시 신청)

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신청 절차:

비용 집계: 3장에서 설명한 기준에 따라 R&D 비용 항목별로 금액을 최종 확정합니다.

명세서 작성: 확정된 비용 내역을 바탕으로 '연구 및 인력개발비 발생 명세서' 등 법정 서식을 작성합니다.

세액 계산: 작성된 명세서를 기준으로 당기분 방식과 증가분 방식 중 유리한 방법으로 공제세액을 계산합니다.

신청서 반영: 계산된 공제세액을 '세액공제신청서'에 기재합니다.

법인세 신고: 위 서류들을 법인세 신고서의 첨부서류로 하여 관할 세무서에 제출합니다. (홈택스 전자신고)

4-2. 핵심 제출 서류 작성 가이드

법인세 신고 시 직접 제출해야 하는 핵심 서류는 아래와 같습니다. 모든 백업 데이터(연구노트, 계약서 등)는 제출하는 것이 아니라, 회사가 5년간 보관하며 세무조사 시 제시해야 합니다.

(1) (필수) 연구 및 인력개발비 발생 명세서 [별지 제3호 서식 부표(2)]

이 서식이 R&D 세액공제의 가장 핵심적인 첨부서류입니다. 모든 비용 내역이 이 서식에 집계됩니다.

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작성 흐름:

① 인적사항: 회사 기본 정보를 기입합니다.

② 연구 및 인력개발비 발생 내역: 3장에서 다룬 비용 항목(자체연구개발 인건비, 재료비, 위탁개발비 등)별로 당기에 발생한 총 비용을 기입합니다. 정부 출연금 등 비과세 금액을 받아 사용한 연구비는 이 단계에서 제외하고 순수 회사 부담액만 기입해야 합니다.

③ 신성장·원천기술/국가전략기술 발생 내역: 전체 R&D 비용 중, 신성장·원천기술 또는 국가전략기술에 해당하는 비용을 별도로 발라내어 기입합니다. (해당 시)

④ 세액공제세액 계산: 이 부분이 가장 중요합니다.

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'16. 증가발생액 기준' (증가분 방식): 당기 발생액과 직전년도 발생액을 비교하여 세액을 계산합니다.

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'17. 당기분 기준' (당기분 방식): 당기 발생액에 기업 유형(중소/중견/일반) 및 기술 유형(일반/신성장/국가전략)에 따른 공제율을 적용하여 세액을 계산합니다.

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'18. 선택': 위 두 방식으로 계산된 세액 중 더 큰 금액**을 선택하여 기입합니다.

(2) (필수) 세액공제신청서 [별지 제3호 서식]

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작성법: 위 '연구 및 인력개발비 발생 명세서'에서 계산하고 선택한 최종 세액공제 금액을 이 신청서의 (107) 연구·인력개발비 세액공제 란에 기입합니다. 이 서식은 다른 모든 세액공제 항목을 통합하여 신청하는 양식입니다.

(3) 기타 서류 (해당 시)

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신성장·원천기술/국가전략기술 연구개발비 발생 명세서: 높은 공제율을 적용받는 기술의 경우, 해당 기술별로 투입된 인력, 비용 등을 훨씬 더 상세하게 기재하는 별도 명세서를 추가로 제출해야 합니다.

제5장: 실무상 주요 쟁점 및 유의사항 (FAQ)

이 장에서는 회계팀이 실무에서 자주 부딪히는 문제들과 세무 리스크를 줄이기 위한 핵심 관리 포인트를 Q&A 형식으로 정리했습니다.

5-1. 불확실성을 줄이는 가장 강력한 무기: '사전심사 제도'

Q. 신기술을 개발 중인데, 이게 세법상 R&D 활동이나 신성장 기술에 해당하는지 너무 불분명합니다. 세무조사 때 부인될까 봐 걱정되는데, 방법이 없을까요?

A. '연구·인력개발비 사전심사 제도'를 적극 활용하십시오. 이는 법인세 신고 전에 과세관청(국세청)에 우리가 수행할 R&D 활동과 비용이 세액공제에 적합한지 미리 심사를 요청하고 그 결과를 통지받는 제도입니다.

구분	내용
장점	• 불확실성 제거: 국세청이 '적정' 의견을 주면, 해당 내용에 대해서는 추후 세무조사 시 문제 삼지 않습니다. (단, 신청 내용과 다르게 비용을 집행하면 제외)• 안정적인 경영 예측: 세액공제 가능 여부를 미리 알 수 있어 자금 계획 수립에 용이합니다.
신청 대상	• 자신의 연구개발 활동이 세법상 R&D에 해당하는지 여부• 특정 비용이 R&D 비용에 포함되는지 여부• 자신의 기술이 신성장·원천기술에 해당하는지 여부
신청 시기	법인세 신고 전, 해당 과세연도 중에 언제든지 신청 가능합니다. (보통 연말이나 연초에 신청)
결과	국세청은 '적정', '조건부 적정', '부적정', '검토 불가' 등으로 결과를 통지합니다.

[컨설턴트의 조언] 특히 수십억 원대의 대규모 프로젝트나, 기존에 없던 완전히 새로운 형태의 서비스(예: 핀테크, AI 기반 서비스) 개발 시에는 사전심사를 받는 것이 선택이 아닌 필수입니다. 심사 과정에서 과세당국이 어떤 부분을 중요하게 보는지를 미리 파악하는 효과도 있습니다. '불인정 사례'를 보면, 주로 활동의 '독창성'이나 '기술적 진보'가 부족한 경우에 부적정 의견을 받습니다.

5-2. 세무조사의 방패: '연구노트' 관리

Q. 연구소에서는 개발하느라 바쁘다며 연구노트 작성을 소홀히 합니다. 회계팀 입장에서 어떻게 관리해야 할까요?

A. 연구노트는 '세무조사 대응의 핵심 증빙'임을 경영진과 연구소에 지속적으로 강조해야 합니다. 연구노트는 활동의 실재성을 증명하는 가장 객관적인 증거입니다.

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회계팀의 역할:

표준 양식 제공: 날짜, 작성자, 과제명, 연구 목표, 수행 내용, 데이터, 실패 내용, 서명 등 필수 항목이 포함된 표준 양식을 배포합니다.

정기적인 점검: 월 1회 또는 분기 1회라도 연구노트 작성 현황을 점검하고, 미비한 부분은 즉시 보완하도록 요청합니다.

전자연구노트 도입 검토: 수정 이력이 모두 남는 전자연구노트 시스템을 도입하면 증빙의 신뢰도를 크게 높일 수 있습니다.

'실패' 기록의 중요성 강조: 성공한 내용만 쓰는 것이 아니라, '실패한 과정'과 '오류 수정 노력'이야말로 기술적 불확실성을 극복하려는 R&D 활동의 가장 강력한 증거임을 설명해야 합니다.

5-3. 자주 발생하는 실수와 쟁점 FAQ

Q. 정부에서 'R&D 목적'으로 출연금(지원금) 1억원을 받았습니다. 이 돈으로 사용한 연구비도 세액공제를 받을 수 있나요?

A. 받을 수 없습니다. 정부, 지자체, 공공기관 등으로부터 연구개발을 목적으로 받은 출연금·보조금으로 지출한 비용은 세액공제 대상에서 명확히 제외됩니다. 오직 회사가 자체 재원으로 부담한 비용만이 공제 대상입니다.

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실무: 총 R&D 비용이 3억원이고, 그중 1억원이 정부 지원금으로 충당되었다면, 세액공제 대상이 되는 R&D 비용은 2억원입니다. '연구 및 인력개발비 발생 명세서' 작성 시 총 발생액에서 지원금 부분을 반드시 차감해야 합니다.

Q. 개발이 완료된 시제품을 외부에 판매했습니다. 이 시제품 제작에 들어간 재료비도 공제가 가능한가요?

A. 네, 가능합니다. 판매 여부와 관계없이, '최초의 시제품(Prototype)'을 제작하고 테스트하는 과정까지는 명백한 R&D 활동입니다. 따라서 해당 시제품 제작에 투입된 인건비와 재료비는 공제 대상에 포함됩니다. 다만, 시제품이 아닌 양산품 제작에 들어간 비용은 당연히 제외됩니다.

Q. 저희 회사 대표이사가 공학 박사 출신이고, 직접 연구개발을 총괄합니다. 대표이사 급여도 인건비에 포함할 수 있나요?

A. 매우 신중하게 접근해야 합니다. 원칙적으로는 가능하지만, 과세당국이 가장 엄격하게 보는 항목 중 하나입니다.

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인정 요건:

대표이사가 연구전담요원 자격을 갖추고 KOITA에 등록되어야 함.

(가장 중요) 대표이사로서의 경영/관리 활동과 연구원으로서의 R&D 활동 시간이 명확히 구분되고, 그 근거(업무일지, 연구노트 등)가 있어야 함.

급여 전체가 아닌, 실제 R&D에 투입된 시간 비율만큼 안분 계산하여 반영해야 함.

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리스크: 객관적 증빙이 미흡하면 전액 부인될 위험이 매우 높습니다. 창업 초기 기업이 아닌 이상, 보수적으로 판단하는 것이 안전합니다.

Q. 세액공제를 받은 연구용 설비를 1년 만에 중고로 처분했습니다. 문제가 될까요?

A. 네, 문제가 됩니다. '통합투자세액공제' 등 투자세액공제를 적용받은 자산의 경우, 투자완료일로부터 2년(건물 등은 5년) 이내에 해당 자산을 처분(매각, 임대 등)하면, 공제받았던 세액공제액에 이자상당액을 가산하여 다시 납부해야 합니다. (사후관리 의무) 회계팀은 자산 처분 시 해당 자산이 과거에 세액공제를 받았는지 반드시 확인해야 합니다.

제6장: 관련 예규 및 판례 요약 (Case Studies)

법 조문은 원칙을 설명하지만, 실제 발생하는 복잡한 상황에 대한 해답은 유권해석(예규)과 법원 판결(판례)에 있는 경우가 많습니다. 이 장에서는 과세당국과의 분쟁에서 주요 쟁점이 되었던 사례들을 분석하여, 회계팀이 리스크를 사전에 인지하고 대비할 수 있도록 돕습니다.

Case 1. R&D 활동의 범위: '개발'과 '생산'의 경계선

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쟁점 (Issue):

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자동차 부품 제조사가 신규 부품 개발 후, 양산 라인에 설치하여 진행한 '양산성 테스트'에 투입된 비용을 R&D 비용으로 신고.

◦

과세당국은 "시제품 개발까지가 R&D이며, 양산 라인에서의 테스트는 생산 활동"이라며 부인.

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판단 (Decision):

◦

법원은 시제품(Prototype) 제작과 그에 대한 성능 테스트까지는 R&D로 인정했으나, 양산을 전제로 한 '파일럿 플랜트(Pilot Plant)'에서 대량 생산을 위한 공정 안정화 및 수율 개선 활동은 R&D가 아닌 생산 준비 활동으로 보아 과세당국의 손을 들어줌.

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실무적 시사점 (Implication):

◦

'기술적 불확실성'이 해소되는 시점까지만 R&D 활동으로 보아야 합니다.

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연구개발 부서의 활동이라도 그 목적이 '양산 효율화', '원가 절감', '불량률 개선' 등 생산 단계의 문제 해결이라면 R&D 비용에서 제외하는 것이 안전합니다.

◦

회계 처리: R&D 프로젝트 종료 시점을 명확히 하고, 그 이후 발생하는 비용은 '경상개발비'나 '제조원가'로 처리하는 내부 기준을 수립해야 합니다.

Case 2. 소프트웨어(SW) 개발: '기술적 진보'와 '단순 개선'의 차이

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쟁점 (Issue):

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자체 ERP 시스템을 운영하는 회사가 기존 기능의 오류를 수정(Bug Fix)하고, 사용자 인터페이스(UI)를 일부 변경한 활동을 SW 개발로 보아 세액공제 신청.

◦

연구개발 사전심사 단계에서 '부적정' 통보.

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판단 (Decision):

◦

국세청은 해당 활동이 새로운 기술을 개발하거나 기존 기술을 현저히 진보시키는 활동이 아니라고 판단.

◦

인정되는 SW 개발이란 ① 새로운 운영체제, 언어, 데이터 관리 기술 개발, ② 기존에 없던 새로운 알고리즘 개발, ③ 시스템의 구조나 작동 방식을 근본적으로 개선하는 활동 등을 의미한다고 설명.

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실무적 시사점 (Implication):

◦

SW 개발 프로젝트 기획 시, '기술적 목표'를 명확히 해야 합니다. "사용자 편의성 개선"과 같은 모호한 목표가 아니라, "기존 대비 데이터 처리 속도 50% 향상 알고리즘 개발"과 같이 구체적이어야 합니다.

◦

유지보수 계약에 따른 활동, 단순 기능 추가/변경, UI/UX 디자인 개선 등은 R&D 활동이 아님을 명확히 인지하고 비용 집계에서 제외해야 합니다.

Case 3. 인건비: '겸직 연구원'과 '서류상 연구원'

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쟁점 (Issue):

◦

연구소 소속으로 등록된 A이사가 실제로는 영업 및 경영 회의에 대부분의 시간을 사용. 회사는 A이사의 급여 전액을 R&D 인건비로 신고.

◦

감사원 감사 및 세무조사에서 연구 활동이 전무함을 지적하고 인건비 전액 부인.

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판단 (Decision):

◦

KOITA 등록 여부와 무관하게 실질적인 연구 활동 수행 여부로 판단.

◦

업무일지, 출장 기록, 이메일 등 객관적인 자료를 통해 연구 외 업무 수행이 확인될 경우, 해당 인력의 인건비는 공제 대상에서 제외됨. 설령 일부 연구 활동을 했더라도, R&D 투입 시간을 객관적으로 입증하지 못하면 전액 부인될 수 있음.

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실무적 시사점 (Implication):

◦

연구원의 근태기록, 업무일지(Time Sheet)는 세무조사 방어의 핵심입니다. 회계팀은 연구소와 협력하여 연구과제별 투입 시간 기록을 의무화하고 정기적으로 점검해야 합니다.

◦

특히 임원, 대표이사의 인건비를 포함할 경우, 일반 연구원보다 훨씬 더 엄격하고 구체적인 증빙(연구노트 직접 작성 기록 등)이 요구됩니다.

Case 4. 위탁개발비: '연구 위탁'과 '용역 구매'

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쟁점 (Issue):

◦

해외 컨설팅사에 '시장 동향 및 기술 분석 보고서'를 의뢰하고 받은 대가를 위탁연구개발비로 신고.

◦

과세당국은 이는 기술 개발이 아닌 '정보 수집 및 자문 용역'에 해당한다고 보아 부인.

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판단 (Decision):

◦

세액공제 대상이 되는 위탁개발은 '실패 가능성(Risk)'을 내포한 창조적인 활동이어야 함.

◦

기성품 구매, 시장 조사, 기술 자문 등 정형화된 서비스를 제공받는 것은 R&D 위탁으로 볼 수 없음. 계약서에 'R&D'라는 문구가 있더라도, 실질적인 내용(과업지시서, 결과 보고서 등)으로 판단함.

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실무적 시사점 (Implication):

◦

외부 용역 계약 시, 회계팀은 계약서 내용을 반드시 검토해야 합니다. '연구개발 목표, 범위, 방법, 최종 결과물의 형태(시작품, 설계도, SW 등)'가 구체적으로 명시되어 있는지 확인해야 합니다.

◦

특히 최종 결과물로 '연구개발 보고서'를 수령하고 보관하는 것이 매우 중요합니다. 대금만 지급하고 결과물이 없으면 100% 부인 대상입니다.

부록

부록 1. R&D 세액공제 실무 체크리스트

본 체크리스트를 활용하여 과제 기획부터 세무 신고까지 단계별 누락 사항이 없는지 점검하십시오.

Phase 1: 과제 기획·착수 단계

No.	점검 항목	확인 (Y/N)	비고 (담당자/일자)
1	해당 과제가 세법상 '연구개발' 활동에 부합하는가? (기술적 진보 목표)
2	정부 출연금 등 지원금을 받는 과제인가? (지원금 부분은 공제 제외)
3	불확실성이 높은 과제인가? (연구개발 사전심사 제도 신청 검토)
4	KOITA 인정 연구소/전담부서에서 수행하는가?
5	투입될 연구전담요원은 자격 요건을 충족하며, 겸직 이슈는 없는가?
6	연구개발계획서가 구체적으로 작성되었는가? (목표, 인력, 예산 등)

Phase 2: 비용 집행·관리 단계

No.	점검 항목	확인 (Y/N)	비고 (담당자/일자)
1	R&D 인건비 대상 인력의 급여/상여/퇴직연금(DC형)이 구분 관리되는가?
2	연구원들이 과제별 투입 시간을 기록하는 업무일지(Time Sheet)를 작성하는가?
3	연구원들이 상세한 연구노트를 작성하고 있는가? (실패 기록 포함)
4	R&D용 재료비가 양산용과 구분되어 구매/보관/출고되는가? (별도 코드 관리)
5	위탁개발 계약서에 연구개발의 범위와 결과물이 명확히 기재되어 있는가?
6	R&D 설비/비품이 고정자산대장에 '연구소' 소속으로 등재되어 있는가?

Phase 3: 결산·세무신고 단계

No.	점검 항목	확인 (Y/N)	비고 (담당자/일자)
1	R&D 비용 집계 시 정부 지원금 해당액은 정확히 차감했는가?
2	인건비 집계 시 퇴직금, DB형 퇴직연금, 부적격 상여금은 제외했는가?
3	공제세액 계산 시 '당기분 방식'과 '증가분 방식'을 모두 계산하고 유리한 쪽을 선택했는가?
4	'연구 및 인력개발비 발생 명세서' 등 법정 서식을 정확히 작성했는가?
5	세액공제 관련 모든 증빙(계약서, 보고서, 노트 등)을 5년간 보관할 준비가 되었는가?

부록 2. 주요 서식 항목 안내

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서식명: 연구 및 인력개발비 발생 명세서 [조세특례제한법 시행규칙 별지 제3호서식 부표(2)]

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주의: 아래는 서식의 이해를 돕기 위한 주요 항목 안내이며, 실제 신고 시에는 반드시 국세청 홈택스 또는 법령정보시스템에서 최신 서식을 다운로드하여 사용해야 합니다.

주요 항목 (서식 내 번호)	작성 내용	회계팀 유의사항
(4) 자체연구개발 - 인건비	연구전담요원 등의 총급여액 (비과세 소득 제외)	퇴직금/DB형 연금/부적격 상여금 제외, DC형 퇴직연금 포함
(5) 자체연구개발 - 재료비	R&D 과제에 직접 투입된 원재료, 부품 등의 가액	양산용 재료비와 명확히 구분된 금액
(10) 위탁 및 공동연구개발비	적격 기관에 지급한 위탁·공동 연구개발 비용	계약서, 최종보고서 등 증빙 필수
(12) 계 (총 발생액)	모든 R&D 비용 항목의 합계	이 금액에서 정부출연금 등을 차감한 금액이 공제 대상 발생액이 됨
(16) 증가발생액 기준 계산	(당기 발생액 - 전기 발생액) x 공제율	R&D 비용이 전년 대비 증가한 경우 유리
(17) 당기분 기준 계산	(당기 발생액 x 공제율) + 추가 공제액	R&D 비용이 꾸준하거나 감소한 경우 유리
(18) 선택	(16)과 (17) 중 큰 금액	둘 중 하나를 선택하여 최종 공제세액으로 확정

맺음말

연구개발비 세액공제는 기업에게 주어진 가장 큰 세무상 혜택 중 하나이지만, 그만큼 엄격한 요건과 사후관리를 요구합니다. 성공적인 세액공제는 단순히 법을 아는 것을 넘어, 연구개발 활동의 실질을 이해하고, 이를 객관적인 증빙으로 연결하는 치밀한 관리 능력에서 비롯됩니다.

본 가이드가 회계팀 담당자 여러분이 자신감을 가지고 관련 업무를 수행하는 데 든든한 나침반이 되기를 바랍니다. 이 가이드북을 시작으로, 연구 부서와 긴밀히 협력하여 회사의 기술 혁신 노력이 정당한 결실로 이어질 수 있도록 기여하시길 응원합니다.

추가 상담 문의

우리회계법인 스타트업 솔루션그룹

•

이메일: jongshin@cpa4.me

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전화: 02-2088-1723

연구개발비 세액공제 실무 가이드북

연구개발비 세액공제 실무 가이드북_2025.06

머리말

목차

제1장: 연구개발비 세액공제 개요

제2장: 세액공제 적용 대상 R&D 활동의 식별

제3장: 대상 비용의 구체적 범위 및 계산 방법

제4장: 세액공제 신청 절차 및 필요 서류

제5장: 실무상 주요 쟁점 및 유의사항 (FAQ)

제6장: 관련 예규 및 판례 요약 (Case Studies)

부록

맺음말