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신성장 원천기술 연구개발비 세액공제 기초

Published On
2025/05/28
Author
조용립 회계사
Category
연구개발비

신성장 원천기술 연구개발비 세액공제 기초

기업의 혁신 성장을 위한 핵심 세제혜택, 신성장 원천기술 연구개발비 세액공제에 대한 설명입니다.

제도 개요 및 의의

신성장 원천기술 연구개발비 세액공제는 미래 유망성과 산업 경쟁력을 보유한 기술 개발에 투입된 연구개발비에 대하여 일정 비율을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하는 제도입니다.
본 제도는 「조세특례제한법」 제10조에 근거하여 운영되며, 일반 연구·인력개발비 세액공제와 병행 적용이 가능하여 기업의 R&D 투자에 대한 실질적 세부담 경감 효과를 극대화할 수 있습니다.
핵심 포인트
본 제도는 연간 수억원 이상의 R&D 투자를 지속하는 기업에게 일반 R&D 세액공제 대비 현저히 높은 공제율을 제공하여, 기업의 현금흐름 개선과 추가 연구개발 투자 여력 확보에 실질적 기여를 합니다.

적용 대상 기업

기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 운영 기업
바이오, 반도체, 미래형 자동차, 인공지능, 차세대 소프트웨어, 에너지환경 등 국가 전략 육성 분야 연구개발 수행 기업
연간 연구개발비 지출 규모가 상당한 기업

신성장 원천기술 범위 및 확인 절차

대상 기술 현황 (2024년 기준)

14개 분야, 총 270개 기술이 신성장 원천기술로 지정되어 있으며, 과거 2017년·2018년 11개 분야 157개 기술에서 지속적으로 확대되어 왔습니다.

주요 기술 분야

• 미래형 자동차 • 차세대 소프트웨어 및 보안 콘텐츠 • 차세대 전자정보디바이스 • 차세대 방송통신 • 바이오 • 에너지환경 • 융복합소재 • 로봇 • 지능정보 • 항공우주 • 첨단소재부품장비 • 탄소중립 • 방위산업 등
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기술 해당 여부 확인 절차

1차: 직접 확인

「조세특례제한법 시행령」 별표 7과 별표 7의2를 통해 대상 분야 및 기술 내용을 직접 확인

2차: 심의 요청 (선택사항)

판단이 어려운 경우, 신성장 원천기술 및 국가전략기술 세액공제 심의위원회에 심의 요청 가능
주의사항
연구개발비 공제 관련 기술 심의는 의무사항이 아니므로, 기업의 판단에 따라 선택적으로 활용 가능합니다.

세액공제율 및 산출 방식

기업 규모에 따른 차등 공제율이 적용되며, 추가로 α(알파) 비율에 따른 가산 공제가 제공됩니다.

기업 규모별 공제율

기업 구분
기본 공제율
최대 공제율
중소기업
30%
40%
코스닥 상장 중견기업
25% (2019년~)
40%
중견·대기업
20%
30%

α(알파) 계산 공식

α = 해당 과세연도 수입금액 대비 신성장동력·원천기술 연구개발비 비율 × 3 • 한도: 일반 기업 10%, 코스닥 상장 중견기업 15%
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📊 세액공제액 산출 예시 실제 공제율 = 기본 공제율 + α% 세액공제액 = 신성장 원천기술 연구개발비 × 실제 공제율
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세액공제 신청 절차

신청 프로세스

신청서 제출 → 사전조사단 구성 → 사전조사 실시 → 심의위원회 개최 → 결과 통보
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전담기관: 한국산업기술진흥원

필수 제출 서류

세액공제 신청서
신성장 원천기술 또는 국가전략기술 연구개발비 명세서
연구개발 계획서
연구개발 보고서
연구노트 (상시 보관 의무)
연구노트의 중요성
일반 연구·인력개발비 세액공제와 달리, 신성장 원천기술 및 국가전략기술 연구개발비 세액공제는 연구노트 보관이 필수 요건입니다. 체계적인 연구노트 관리 시스템 구축이 필요합니다.

인건비 공제 시 주요 유의사항

인건비는 R&D 세액공제에서 가장 큰 비중을 차지하는 항목으로, 엄격한 적용 기준이 존재합니다.

핵심 제약 조건

1. 전담 인력 요건

• 신성장 원천기술 연구개발과 일반 연구개발을 동시 수행하는 인력 제외 • 신성장 원천기술 세액공제 대상 인력은 해당 과제 전담 참여 필수
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2. 월별 참여율 조건

신청 대상 과제 1개: 월별 참여율 100% 필수
신청 대상 과제 2개 이상: 각 과제 월별 참여율 합계 100% 필수

제외 대상 인건비

• 주식매수선택권 과도 소유자 • 지배주주 및 특수관계인 • 퇴직금 지급액 및 적립금액 • 비과세 학자금 등 근로소득 미신고 현금성 복리후생비
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실무 적용 사례

예시: 연구원 A, B가 2023년 근무 중 신성장 원천기술과 일반 R&D 과제 병행 수행 • 1-5월: 신성장 원천기술 100% 참여 → 공제 대상 • 6월 이후: 일반 R&D 병행 수행 → 공제 대상 제외 • 월별 참여율 50% → 해당 월 인건비 공제 불가
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중요 공지
인건비 관련 규정은 매우 엄격하므로, 신청 전 반드시 연구개발세액공제 전문 회계사와 상담하여 적정성 검토를 받으시기 바랍니다.

공통 비용 처리 방안

일반 연구개발비와 신성장 원천기술 연구개발비 간 중복 발생 비용에 대한 처리 방식입니다.

비용 유형별 처리 방법

인건비 및 위탁·공동연구개발비

→ 해당 비용 전액을 일반 연구·인력개발비로 공제 신청
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재료비 등 기타 공통 비용

• 2019.1.1. 이후 발생분: 인건비 비율 안분하여 신청 가능 • 이전 규정: 전액 일반 연구개발비로 공제 신청
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시설투자비 세액공제

신성장동력·원천기술의 사업화를 위한 시설투자비에 대해서도 별도 세액공제가 제공됩니다.

공제율

기업 구분
공제율
중소기업
10%
중견기업
7%
대기업
5%

공제 요건

기본 요건

「조세특례제한법 시행규칙」 별표 8의8에 따른 사업화 시설
직전 과세연도 수입금액 대비 연구개발비 비중 2% 이상 (2019.1.1. 이후)

기술 요건 (택일)

직전 과세연도 신성장동력·원천기술 연구개발비가 전체 연구개발비 대비 10% 이상
신성장동력·원천기술 관련 최초 설정등록 특허권 보유

고용 요건

해당 과세연도 상시근로자 수가 직전 과세연도 대비 미감소
중소기업: 감소 시 감소인원 1명당 1천만원 세액공제액에서 차감

공제액 반환 사유

• 공제받은 과세연도 종료일로부터 2년 내 상시근로자 수 감소 • 시설투자 완료일로부터 3년 내 자산의 다른 목적 전용
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결론 및 실무 권고사항

신성장 원천기술 연구개발비 세액공제는 기업의 미래 성장동력 확보와 연구개발 비용 부담 실질 경감을 위한 핵심 세제지원 제도입니다.

국가전략기술과의 연계 활용

「조세특례제한법」 제10조에 따라 국가전략기술(7개 분야 66개 기술: 반도체, 2차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형 이동수단, 바이오의약품)에 대한 연구개발비도 동일한 세액공제 혜택을 받을 수 있습니다.

실무 적용 시 주요 고려사항

사전 검토 필수 항목

기술 범위 정확한 판단
인건비 적용 기준의 엄격한 준수
공통 비용 처리 방식의 적정성
연구노트 등 필수 서류의 체계적 관리
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