[1편] 2026년 세제개편안 : 기업·법인 관련 주요 내용
정부는 2026년 8월 3일 「2026년 세제개편안」을 발표하였습니다. 이번 개편안은 ‘대체불가 대한민국을 위한 경제 대도약 지원’을 정책목표로 하며, 총 11개 법률의 개정을 예정하고 있습니다.
법인 과세 분야에서는 국내생산세액공제가 신설되고, 자기주식 과세체계가 자본거래로 일원화됩니다. 또한 연구개발비 및 투자에 대한 세제지원이 지역별로 차등 적용되어, 기본공제율에 사업장 소재지에 따른 계수(1.0~1.5)를 곱하는 방식이 도입될 예정입니다.
이번 연재에서는 발표된 세제개편안 가운데 법인세 및 법인 관련 조세특례를 중심으로, 급여·연말정산과 신고 실무에 영향을 미치는 소득세·부가가치세 항목을 포함하여 총 64개의 주요 개정 항목을 살펴봅니다.각 개정사항의 취지와 현행 제도 및 개정안의 차이, 적용시기와 실무상 준비사항을 보다 쉽게 파악하고 향후 세무계획에 참고하실 수 있도록 핵심 내용을 두 차례에 걸쳐 안내드립니다.
제1편에서는 기업·법인과 관련된 주요 세제개편 내용을, 제2편에서는 고용·급여·연말정산·부가가치세 및 신고·납부 실무와 관련된 내용을 중심으로 살펴보겠습니다.
※ 본 내용은 정부 발표안을 기준으로 작성되었으며, 국회 심의 및 법령 개정 과정에서 변경될 수 있습니다. 실제 적용 시에는 최종 확정된 법령을 확인하시기 바랍니다.
기업·법인이 확인할 핵심 개정사항
국내생산세액공제, 투자·R&D, 중소·벤처기업, 지방이전 및 자기주식 과세
이번 개편안에는 국내생산세액공제 신설, 연구개발비·투자 세제지원의 지역별 차등화, 중소·벤처기업 지원 조정, 자기주식 과세체계 개편 등 기업 의사결정에 직접 영향을 미칠 수 있는 내용이 포함되어 있습니다.
이번 1편에서는 64개 개정항목 가운데 기업과 법인이 우선 확인해야 할 내용을 중심으로 살펴봅니다.
한눈에 보는 주요 변화
구분 | 핵심 변화 | 적용시기 |
국내생산 | 6대 분야 적격품목을 국내에서 직접 생산·판매하는 내국인에게 생산량 기준 세액공제 신설 | 2027년 이후 |
투자·R&D | 기본 공제율에 지역별 계수 1.0~1.5를 곱해 지방 소재 사업장을 우대 | 2027년 이후 |
중소·벤처 | 중소기업 졸업 후 점감구간 신설, 지역 벤처 직접출자 공제율 상향 | 2027년 이후 |
지방이전 | 감면한도·고용 유지·지역환류 의무 등 사후관리 강화 | 2027년 이후 |
자기주식 | 과세체계를 자본거래로 일원화하고 취득 시 주주 의제배당 과세 | 2027년 이후 |
부동산 | 비사업용 토지 추가과세와 종합합산토지 종부세 최고세율 인상 | 2028년 이후 |
1. 국내생산세액공제 신설
시설투자액이 아니라 실제 생산량을 기준으로 공제하는 국내생산세액공제가 새로 도입될 예정입니다. 대상은 태양광발전, 풍력발전, 이차전지, 반도체, 핵심소재, AI 로봇부품 등 6대 분야의 적격품목을 국내에서 직접 생산·판매하는 내국인입니다. 세부 품목은 시행령에서 확정될 예정입니다.
공제금액은 기준 공제금액에 지역별 지방우대계수와 연도별 점감률을 곱해 산정합니다. 다만 적격 생산비용의 50%와 설비 투자누계액을 기준으로 한 한도 중 작은 금액을 적용하며, 수도권과밀억제권역 생산분은 제외됩니다. 적용기한은 2036년 12월 31일까지입니다.
기존에 같은 설비로 통합투자세액공제를 적용받았다면 중복 적용할 수 없습니다. 다만 2026년 말 이전 공제분을 취소하고 공제액과 이자상당액을 납부한 뒤 국내생산세액공제를 선택할 수 있는 특례가 마련됩니다.
실무 포인트 대상 가능성이 있는 기업은 품목별·공정별 생산비용과 생산량을 구분해 집계할 수 있는지 점검하고, 통합투자세액공제와 국내생산세액공제의 예상 혜택을 이자 부담까지 포함해 비교할 필요가 있습니다.
2. 투자·연구개발 세제의 지역별 차등화
연구개발비 및 통합투자세액공제에 지역별 계수가 도입됩니다. 수도권은 1.0, 비수도권은 지역 여건에 따라 1.1·1.3·1.5의 계수가 적용되어 지방 소재 사업장의 공제율이 높아지는 구조입니다. 세부 지역은 행정안전부 지방우대지수 등을 반영해 시행령에서 정해질 예정입니다.
지방우대를 받으려면 지역별 사업장을 구분경리해야 합니다. 여러 지역에 연구소나 생산시설이 있는 법인은 연구개발비와 투자액을 사업장별로 귀속시킬 수 있도록 회계처리 기준과 증빙 체계를 정비해야 합니다.
국가전략기술의 ‘수소’ 분야는 ‘미래형 에너지’로 확대 개편되어 소형모듈원자로(SMR)·초소형모듈원자로(MMR) 등이 지원 후보로 제시되었습니다. 업무용 승용차 감가상각비 한도는 2027년 신규 취득·임차분부터 전기·수소차는 연 1,000만원으로 높아지고, 그 밖의 차량은 연 700만원으로 낮아질 예정입니다.
3. 중소·벤처기업 지원의 변화
중소기업특별세액감면은 중소기업 졸업 유예기간이 끝난 뒤 3년간 중기업 감면율의 50%를 적용하는 점감구간이 신설됩니다. 혜택이 한 번에 사라지는 부담을 완화하려는 취지입니다.
중소기업의 산업재해·화재 예방시설에는 기준내용연수의 50% 범위에서 내용연수를 단축할 수 있는 가속상각이 허용됩니다. 벤처기업 등에 대한 출자 세액공제는 투자대상 업력 요건이 설립 후 7년에서 10년으로 완화되고, 인구감소지역·인구감소관심지역 소재 벤처기업 등에 직접 신규 출자하는 경우 공제율이 5%에서 7%로 높아집니다.
확인할 점 지역 우대 7%는 해당 지역의 벤처기업 등에 직접 신규 출자하는 경우에 한정됩니다. 조합 등을 통한 간접출자는 기본 공제율 5%가 적용되므로 출자 방식과 소재지를 함께 확인해야 합니다.
4. 지방이전·창업 세제: 혜택과 사후관리의 동시 강화
창업중소기업 세액감면은 지역을 세분화하고 비수도권 감면율을 높이는 방향으로 재설계됩니다. 점프업 중소기업과 청년 신산업 중소기업도 우대 유형에 새로 포함됩니다.
반면 지방이전 및 특구입주 기업에는 관리 의무가 강화됩니다. 감면한도가 신설되고, 이전·입주 후 상시근로자 수가 감소하거나 수도권에 사실상 동일한 사업장을 설치하면 감면세액이 추징되고 향후 특례가 배제될 수 있습니다.
또한 전체 감면기간 동안 해당 지역에 투자·연구개발비·신규 고용 인건비·협력중소기업 출연금 등으로 감면세액의 30% 이상을 환류해야 합니다. 미달액은 추징될 수 있으므로 감면 신청 전부터 고용과 지역환류 계획을 함께 세울 필요가 있습니다.
5. 자기주식 과세체계 정비
2026년 3월 상법 개정으로 자기주식의 성격이 자본으로 명확해진 데 맞춰 세법상 과세체계도 자본거래로 일원화될 예정입니다. 법인의 자기주식 처분이익은 익금불산입, 처분손실은 손금불산입으로 바뀝니다.
주주 단계에서는 법인이 자기주식을 취득하는 때 취득 목적과 관계없이 취득가액 초과분을 의제배당으로 과세하는 것이 핵심입니다. 법인은 대금을 지급하는 날 배당소득 원천징수 의무를 확인해야 합니다. 거래소 시장을 통한 일반 취득은 제외되지만 시간외 대량매매 등은 포함될 수 있습니다.
2026년 12월 31일 이전 취득분에는 종전 규정이 적용될 예정이므로, 자기주식 거래를 계획하고 있다면 취득일·취득목적·취득가액과 거래 방식을 정리해 경과규정을 검토해야 합니다.
6. 그 밖에 기업이 확인할 사항
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주가 누르기 요건에 해당하는 상장주식은 평가심의위원회 심의를 거쳐 평가기간이 최대 6년 6개월까지 확대될 수 있습니다.
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비사업용 토지 양도 시 법인세 추가과세율은 10%에서 20%로 높아질 예정이며, 2028년 1월 1일 이후 양도분부터 적용됩니다.
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종합합산토지의 과세표준 45억원 초과 구간 종합부동산세율은 3%에서 4%로 인상될 예정입니다.
기업 실무 체크리스트
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6대 분야 생산기업이라면 적격품목 가능성과 원가 구분집계 체계를 확인합니다.
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지역별 R&D 비용·투자액을 사업장별로 귀속할 수 있는지 점검합니다.
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현재 적용 중인 신성장·국가전략기술의 선정연도와 일몰 시기를 확인합니다.
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자기주식 보유분의 취득일·취득목적·취득가액과 향후 거래계획을 정리합니다.
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지방이전·특구 감면을 검토한다면 감면한도, 고용 유지, 지역환류 계획을 함께 시산합니다.
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보유 토지의 사업용 여부를 다시 확인합니다.
확정 전 정부안이라는 점에 유의하세요
이번 세제개편안은 2026년 8월 3일 발표된 정부안입니다. 아직 확정된 법률이 아니며, 국회 심의 과정에서 세율·공제율·적용시기 등이 변경되거나 일부 항목이 삭제될 수 있습니다. 적격품목과 지역 구분 등 시행령 위임사항은 2027년 2월경 구체화될 예정입니다.
따라서 투자, 조직개편, 자기주식 거래처럼 되돌리기 어려운 의사결정은 국회를 통과한 법률과 확정된 시행령을 확인한 뒤 진행할 필요가 있습니다.
전체 자료 안내 이 글은 주요 내용을 선별한 요약본입니다. 64개 개정항목의 현행·개정안 비교, 적용시기, 근거자료 및 상세 실무 포인트는 게시물 하단의 「2026년 세제개편안 전체 안내문(PDF)」에서 확인하실 수 있습니다.
관련자료
“2026년 세제개편안”의 보다 자세한 내용은 정부 발표자료에서 확인하실 수 있습니다.
제공 자료: 2026년 세제개편안 ①보도자료, ②개조식 자료, ③상세본, ④문답자료, ⑤인포그래픽
※ 위 자료는 정부가 발표한 세제개편안 관련 자료로, 향후 국회 심의 및 법령 개정 과정에서 내용이 변경될 수 있습니다. 실제 적용 시에는 최종 확정된 법령을 확인하시기 바랍니다.
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