[2편] 2026년 세제개편안 : 고용·소득세·부가가치세 주요내용
지난 1편에서는 「2026년 세제개편안」 가운데 국내생산세액공제, 연구개발비 및 투자 세제지원, 중소·벤처기업 지원과 자기주식 과세 등 기업·법인과 관련된 주요 개정사항을 살펴보았습니다.
2026년 세제개편안에는 기업의 인사·급여 담당자와 재무·회계 담당자가 미리 준비해야 할 실무 변화도 다수 포함되어 있습니다. 인적용역 원천징수세율 인하, 출산지원금과 지방 이주수당 비과세, 중소기업 취업자 감면의 지역별 차등화, 부양가족 소득요건 완화 등이 대표적입니다.
이번 2편에서는 급여·연말정산, 부가가치세 및 신고·납부 실무에 직접 영향을 주는 내용을 중심으로 정리합니다.
※ 본 내용은 정부 발표안을 기준으로 작성되었으며, 국회 심의 및 법령 개정 과정에서 변경될 수 있습니다. 실제 적용 시에는 최종 확정된 법령을 확인하시기 바랍니다.
급여·연말정산·부가가치세 실무 변화
원천징수, 비과세·감면, 연말정산, 세금계산서 및 신고·납부 실무
한눈에 보는 주요 변화
구분 | 핵심 변화 | 적용시기 |
원천징수 | 기타 인적용역 사업소득 원천징수세율 3% → 2% | 2027년 지급분 |
외국인근로자 | 단일세율 19% → 21%, 적용기한 2029년 말까지 연장 | 2027년 이후 |
급여 비과세 | 출산지원금 지급기간 확대, 지방 이주수당 비과세 신설 | 2027년 이후 |
연말정산 | 부양가족 소득요건·월세 공제 확대, 일부 공제 축소·종료 | 대부분 2027년분 |
부가가치세 | 세금계산서 ‘작성 연월일’ 명칭을 ‘공급 연월일’로 변경 | 2027.7.1. 이후 |
신고·납부 | 업무추진비 증빙 기준 상향, 1주 내 기한 후 신고 가산세 75% 감면 | 시행 후 |
1. 원천징수세율 변경
기타 인적용역 사업소득의 원천징수세율은 3%에서 2%로 낮아질 예정입니다. 다만 연말정산 대상 인적용역은 3%, 외국인 프로선수는 20%가 유지됩니다. 2027년 1월 1일 이후 지급하는 소득부터 적용될 예정이므로 지급 유형별 세율을 구분해 시스템에 반영해야 합니다.
외국인근로자의 단일세율 선택 특례는 19%에서 21%로 높아지고 적용기한은 2029년 12월 31일까지 연장됩니다. 각종 공제를 적용하지 않는 단일세율과 일반 종합과세 중 어느 방식이 유리한지 근로자별로 다시 비교할 필요가 있습니다.
2. 급여 비과세와 고용 관련 제도
출산지원금 비과세 지급기간은 ‘출생일 이후 2년 이내’에서 ‘임신일부터 출생일 이후 2년 이내’로 확대될 예정입니다. 자녀당 최대 2회라는 지급 횟수 요건은 유지됩니다.
수도권 기업이 비수도권으로 이전하거나 사업장을 신설·증설하면서 근로자가 근무지를 옮긴 경우 지급하는 지방 이주수당에 월 20만원 또는 우대지역 월 50만원의 비과세가 신설될 예정입니다. 실제 적용을 위해서는 공통 지급규정과 대상자 판정 기준을 갖춰야 합니다.
중소기업 취업자 소득세 감면은 지역별로 차등화됩니다. 청년은 감면율 90%가 전 지역에서 동일하게 유지되는 대신 감면기간이 수도권 5년에서 비수도권 우대지역 최장 10년까지 늘어나고, 고령자 등은 감면기간 3년이 그대로 유지되는 대신 감면율이 70%에서 최대 90%까지 높아집니다. 사업장 소재지와 근로자별 취업일을 기준으로 대상자를 다시 파악해야 합니다. 통합고용세액공제는 대기업이 적용 대상에서 제외될 예정이어서 해당 기업은 2027년 이후 고용 관련 세제효과를 재산정할 필요가 있습니다.
3. 2027년 귀속 연말정산의 주요 변화
대부분의 개정은 2027년 지급·발생분부터 적용되므로 2027년 초에 실시하는 2026년 귀속 연말정산은 현행대로 진행됩니다. 실제 변화는 2028년 초에 실시하는 2027년 귀속 연말정산부터 체감하게 됩니다.
확대되는 항목
•
부양가족 기본공제 소득요건이 소득금액 100만원에서 300만원으로 완화될 예정입니다. 새로 기본공제 대상이 되면 의료비·교육비·신용카드 등 연계 공제에도 영향을 줄 수 있습니다.
•
월세 세액공제는 청년(15~34세) 공제율 17%가 신설되고 공제대상 월세 한도가 연 1,000만원에서 1,200만원으로 확대될 예정입니다.
•
신용카드 공제 중 도서·공연 등 30% 공제의 총급여 7천만원 이하 요건은 삭제될 예정입니다.
축소되거나 종료되는 항목
•
신용카드 대중교통 추가공제 40%는 종료될 예정이며, 전통시장 40% 공제는 유지됩니다.
•
신용카드 추가공제 한도는 총급여 7천만원 이하 300만원에서 200만원, 7천만원 초과 200만원에서 100만원으로 줄어들 예정입니다.
•
출산·입양 세액공제와 혼인세액공제는 적용기한 종료 후 재정지출 방식으로 전환될 예정입니다. 혼인세액공제는 2026년 12월 31일까지의 혼인신고분에 적용됩니다.
•
취학 전 아동 학원비 교육비 공제는 음악·미술·무용 등 예능학원 교육비로 한정될 예정입니다.
장기주택저당차입금 이자상환액 공제에는 실거주 요건이 신설됩니다. 다만 2026년 12월 31일 이전 설정한 주택저당은 2027~2029년 이자 지급분에 종전 규정이 적용될 예정이므로 경과조치를 함께 확인해야 합니다.
임직원 안내 포인트 확대 항목뿐 아니라 대중교통 추가공제, 출산·입양 및 혼인 세액공제 등 축소·종료 항목도 함께 안내해야 혼선을 줄일 수 있습니다. 다만 모두 정부안 단계임을 명확히 표시해야 합니다.
4. 부가가치세 실무 변화
외국법인의 국내사업장이 세금계산서를 발급한 용역거래는 국내사업장과 관련된 거래로 보아 부가가치세 대리납부 대상에서 제외하고, 국내사업장이 신고·납부하도록 규정할 예정입니다. 외국법인 국내사업장과의 거래를 대리납부로 처리해 왔다면 세금계산서 발급 여부를 기준으로 재검토해야 합니다.
세금계산서 필요적 기재사항인 ‘작성 연월일’은 ‘공급 연월일’로, 임의적 기재사항인 ‘공급 연월일’은 ‘발급일’로 명칭이 바뀔 예정입니다. 2027년 7월 1일 이후 발급분부터 적용될 예정이므로 ERP와 전자세금계산서 시스템, 내부 매뉴얼의 항목명을 수정해야 합니다.
신용카드 매출에 대한 부가가치세 한시적 우대공제는 공제율이 1.3%에서 1.2%로 낮아지고, 연간 한도는 1,000만원에서 500만원으로 줄어듭니다. 적용기한은 2029년 말까지 연장됩니다. 이 제도는 주로 간이과세자와 일정 규모 이하 개인사업자에게 적용됩니다.
5. 신고·납부 실무 변화
적격증빙 없이도 손금에 산입할 수 있는 기업업무추진비 기준금액은 경조금이 건당 20만원에서 30만원으로, 그 밖의 지출은 건당 3만원에서 5만원으로 높아질 예정입니다. 시행령 적용시기를 확인한 뒤 사내 지출결의 및 증빙 규정을 조정할 수 있습니다.
법정신고기한 후 1주일 이내에 기한 후 신고하면 무신고가산세의 75%를 감면하는 구간이 새로 생길 예정입니다. 신고 누락을 발견했다면 최대한 신속하게 기한 후 신고하는 것이 중요합니다.
납부지연가산세의 성립시기와 기간 계산방식도 정비되고, 법인세 무신고에 따른 소득처분분의 부과제척기간 7년이 명문화될 예정입니다.
인사·재무 담당자 실무 체크리스트
•
인적용역 2%, 외국인근로자 21% 등 변경 세율을 지급·급여 시스템에 반영할 준비를 합니다.
•
출산지원금과 지방 이주수당을 지급하려면 공통 지급규정과 증빙 요건을 정비합니다.
•
비수도권 사업장의 중소기업 취업자 감면 대상 근로자를 파악합니다.
•
2027년 귀속 연말정산 안내문에 부양가족 소득요건, 월세, 신용카드 공제 변화를 반영합니다.
•
2027년 7월 세금계산서 명칭 변경에 맞춰 ERP와 내부 매뉴얼을 수정합니다.
•
기업업무추진비 내부 증빙 기준은 시행령 적용시기를 확인한 뒤 조정합니다.
확정 전 정부안이라는 점에 유의하세요
이번 세제개편안은 2026년 8월 3일 발표된 정부안입니다. 아직 확정된 법률이 아니며, 국회 심의 과정에서 세율·공제율·적용시기 등이 변경되거나 일부 항목이 삭제될 수 있습니다. 적격품목과 지역 구분 등 시행령 위임사항은 2027년 2월경 구체화될 예정입니다.
따라서 투자, 조직개편, 자기주식 거래처럼 되돌리기 어려운 의사결정은 국회를 통과한 법률과 확정된 시행령을 확인한 뒤 진행할 필요가 있습니다.
전체 자료 안내 이 글은 주요 내용을 선별한 요약본입니다. 64개 개정항목의 현행·개정안 비교, 적용시기, 근거자료 및 상세 실무 포인트는 게시물 하단의 「2026년 세제개편안 전체 안내문(PDF)」에서 확인하실 수 있습니다.
관련자료
“2026년 세제개편안”의 보다 자세한 내용은 정부 발표자료에서 확인하실 수 있습니다.
제공 자료: 2026년 세제개편안 ①보도자료, ②개조식 자료, ③상세본, ④문답자료, ⑤인포그래픽
※ 위 자료는 정부가 발표한 세제개편안 관련 자료로, 향후 국회 심의 및 법령 개정 과정에서 내용이 변경될 수 있습니다. 실제 적용 시에는 최종 확정된 법령을 확인하시기 바랍니다.
이전 게시글 목록
추가 상담 문의우리회계법인 스타트업 비즈니스 솔루션그룹
•
이메일: yonglip.cho@cpa4.me
•
전화: 02-2088-1723
