벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세이연[제16조의4]
벤처기업의 성장 촉진과 핵심 인재 확보를 위해 정부는 다양한 세제 지원 제도를 운영하고 있습니다. 그중 주식매수선택권(스톡옵션)은 임직원이 회사의 가치 상승에 직접 참여할 수 있는 대표적인 보상 수단으로, 벤처기업의 기술혁신과 장기 성장을 뒷받침하는 핵심 인센티브입니다. 그러나 「소득세법」상 주식매수선택권 행사이익은 행사 시점에 전액 근로소득으로 과세되기 때문에, 장기간 형성된 이익이 한 번에 과세되면 최고 45%의 누진세율이 적용되어 상당한 세부담이 발생할 수 있습니다.
이러한 부담을 완화하고, 임직원이 주식을 장기간 보유할 수 있도록 유도하기 위해 「조세특례제한법」 제16조의4에서는 ‘벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세이연 특례’를 규정하고 있습니다.
조세특례제한법에서는 벤처기업의 임직원이 3년간 행사가액 5억원 이하의 적격 주식매수선택권을 벤처기업으로부터 부여받은 경우, 당사자의 선택에 따라 행사 시점에는 과세이연하고 그 후 행사로 부여받은 주식을 양도하는 시점에 양도소득으로 과세하는 특례를 규정합니다.
부연하면, 벤처기업에 재직 중 스톡옵션을 행사함으로써 얻은 이익은 근로소득으로 과세하는 것이 원칙이지만, 과세이연 특례에 따라 근로소득에 대한 소득세로 과세하지 않고 주식의 양도시점에 합산하여 주식양도소득에 대한 소득세로 과세하는 것입니다.
과세이연 특례를 적용하는 경우 임직원은 다음과 같이 혜택을 누릴 수 있습니다.
스톡옵션을 행사하면 행사 당시의 주식 시가와 실제 행사가격의 차이인 행사이익에 대해 근로소득으로 과세됩니다. 그 세율은 6%~45%가 적용되지만, 과세이연 특례에 따라 추후 양도소득으로 과세되는 경우에는 낮은 세율인 10%의 세율을 적용 받을 수 있습니다.
다만, 스톡옵션을 부여한 법인의 부담을 경감시키기 위하 스톡옵션 부여 법인의 보상비용은 법인의 손금으로 인정하는 것이 원칙이지만, 개인이 과세이연 특례를 적용하면 해당 보상비용을 손금으로 인정하지 않습니다. 개인에게 특례를 허용함으로써 국가의 세수에 손실이 발생하였으므로, 이를 법인의 손금 부인을 통해 보상하려는 취지입니다.
본 글에서는 「조세특례제한법」 제16조의4에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익의 과세이연 제도와 요건, 적용 절차 및 사후관리 사항을 살펴보겠습니다.
1. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세이연이란 무엇인가?
벤처기업 또는 벤처기업이 발행주식 총수의 30% 이상을 인수한 기업의 임직원이 해당 벤처기업으로부터 부여받은, 3년간 행사가액 5억원 이하의 적격주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 이익을, 당사자의 선택에 따라 행사 시점에는 과세이연하고 그 후 행사로 부여받은 주식을 양도하는 시점에 양도소득으로 과세하는 제도입니다. 다만, 조특법 제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 특례에서 제외합니다.
당해 벤처기업 등에서 근무기간 중 또는 퇴사 후 스톡옵션을 행사함으로써 얻은 이익은 소득세법상 근로소득 또는 기타소득으로 과세하여야 하지만, 본 특례에 따라 소득세를 과세이연하여 주식의 양도시점에 그 행사이익을 양도소득으로 과세합니다.
스톡옵션을 행사하여 취득한 주식은 대부분 장기간 보유하는데 벤처기업의 특성상 장기보유에 따른 주식가치의 하락이 발생할 수 있으므로, 동 주식의 처분 시까지 스톱옵션 행사이익을 과세이연하려는 목적입니다.
2. 과세이연의 요건
2-1. 과세특례 주체 요건
과세특례의 주체는 벤처기업 또는 벤처기업이 발행주식 총수의 30% 이상을 인수한 기업의 임직원입니다.
(가) 벤처기업은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 벤처기업으로, 벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권을 행사하는 시점에 그 주식매수선택권을 부여한 기업이 더 이상 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 적용합니다.
(나) 주식매수선택권을 부여하는 주주총회의 결의가 있는 날을 기준으로 벤처기업의 임직원에서 다음의 어느 하나에 해당하는 자는 제외합니다.
① 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자
② 해당 법인의 지배주주등에 해당하는 자
③ 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하는 주주
④ ③의 주주와 국세기본법에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있는 자
2-2. 대상기업 요건
2020년 개정세법에서 코넥스 상장기업이 부여한 주식매수선택권을 특례 대상에 추가하는 것으로 조특법 제16조의 2 제1항에서 개정하였으나 조특법 제16조의 4에서 벤처기업법에 따른 스톡옵션을 대상으로 한정하고 있으므로, 현재 과세특례 대상은 벤처기업법에 따라 비상장법인이 부여한 스톡옵션에 한정되고 코넥스 상장기업이 부여한 스톡옵션은 제외되는 것으로 판단됩니다.
즉, 코넥스 상장기업의 스톡옵션은 비과세 특례와 분할과세 특례만 적용하고, 과세이연 특례는 적용되지 않습니다.
2-3. 적격주식매수선택권의 부여 및 행사 요건
적격주식매수선택권이 되기 위해서는 이하의 부여 및 행사요건을 충족해야 합니다. (조특법 제16조의4 제1항, 시행령 제14조의4 제5항)
① 벤처기업법에 따라 부여한 주식매수선택권으로 아래의 요건을 갖출 것
ⅰ) 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량‧매수가액‧대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임원 등과 약정할 것
ⅱ) 벤처기업 임원 등과 약정한 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것
ⅲ) 사망 또는 정년을 초과하거나 그 밖에 자신에게 책임 없는 사유로 퇴임 또는 퇴직한 경우를 제외하고는 주식매수선택권 부여를 위한 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식 매수선택권을 행사할 것 (벤처기업법 시행령 제4조의4 제5항)
② 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계가 5억원 이하일 것 (조특법 제16조의4 제1항 제2호)
3. 과세이연의 신청 절차
3-1. 특례적용신청서 제출
과세특례를 적용받고자 하는 벤처기업 임직원은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 금융투자업자(이하 ‘금융투자업자’)를 통하여 주식매수 선택권 전용계좌를 개설하고, 특례적용신청서에 주식매수선택권 전용계좌개설 확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 합니다(조특법 제16조의4제6항, 동 시행령 제14조의4제2항).
특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 주식매수선택권 행사주식지급 명세서와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 합니다(조특법 제16조의4제6항, 동 시행령 제14조의4제3항).
(사례) 특례적용대상명세서 기한 후 제출하는 경우에도 과세이연 가능한지 여부
조세특례제한법 제16조의4에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세이연 규정은 납세자의 과세이연[주식매수선택권 행사시 근로소득 또는 해당 주식 처분시 양도소득으로 과세] 및 해당 법인으로의 과세전가[근로소득으로 과세되는 경우 손금인정 또는 양도소득으로 과세되는 경우 손금불인정] 효과가 나타나므로 법령상의 과세특례 신청여부에 대한 납세자의 의사 표시가 명확히 요구되는 바, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례를 적용받으려는 벤처기업 임직원이 주식매수선택권 전용계좌 개설ㆍ입고 후 특례적용신청서를 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하도록 한 조특법 제16조의4 및 같은 법 시행령 제14조의4 규정은 최소한 지정기한 내 납세자의 특례적용 신청 등 제반 절차를 엄격히 준수하여 과세방식을 확정하도록 한 것으로 보이므로, 따라서 이 건의 경우, 청구인들이 조특법 시행령 제14조의4 제2항 및 제3항에 따라 주식매수선택권 행사일 전일까지 주식매수선택권 전용계좌 개설확인서를 첨부한 특례적용신청서를 쟁점법인에 제출하지 아니하였고, 쟁점법인은 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고 주식매수선택권 행사주식지급명세서 및 특례적용대상명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 관할 세무서장에 제출하지 아니하였으므로 쟁점과세특례 규정을 적용할 수 없다는 조세심판원 심판례(조심-2021-서-6907, 2022. 12. 13.)가 있으므로, 특례적용대상명세서를 기한 내에 관할세무서장에게 제출하는데 유의를 해야 함.
벤처기업 임원 등이 주식매수선택권 전용계좌를 개설한 금융투자업자는 주식 매수선택권 전용계좌거래현황신고서를 매분기 종료일의 다음 달 말일까지 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 합니다 (조특법 제16조의4 제6항, 동 시행령 제14조의4 제4항).
양도소득세를 과세하는 경우에는 출자에 과세특례를 적용하지 않습니다(조특법 제16조의4 제7항).
양도소득세를 납부하려는 벤처기업 임직원은 「소득세법」에 따라 양도소득 과세표준을 신고하는 경우 특례적용신청서 제출에 대하여 해당 벤처기업이 발급하는 특례신청확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 합니다 (조특법 시행령 제14조의4제6항).
3-2. 벤처기업 주식매수선택권 전용계좌란?
벤처기업 주식매수선택권 전용계좌는 조특법 시행규칙 제8조의4 제1항의 요건을 모두 충족하는 계좌를 말합니다.
ⅰ) 벤처기업 임직원 본인의 명의로 개설할 것
ⅱ) 금융투자업자가 벤처기업 임직원의 다른 매매거래계좌와 구분하여 주식매수 선택권전용계좌의 명칭으로 별도로 개설∙관리할 것
ⅲ) 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래할 것
ⅳ) 계좌 개설 이후 1개월 내 주식이 입고되지 아니할 경우에는 해당 계좌를 폐쇄하는 내용으로 사전에 약정할 것
4. 벤처기업 임직원의 과세이연
벤처기업 임직원이 특례적용을 신청한 경우에는 스톡옵션 행사 시점에 주식매수선택권 행사이익을 근로소득 또는 기타소득으로 과세하지 아니하고, 추후 주식 양도 시점에 양도소득세를 과세합니다.
근로소득 등으로 과세하는 경우 세율은 6%~45%가 적용되지만, 추후 양도소득으로 과세되는 경우 대주주 이외의 자는 20%(중소기업은 10%)의 세율이 적용되어 과세이연의 선택이 유리한 경우가 많습니다.
다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액에 대해서는 주식매수선택권 행사시에 근로소득 또는 기타소득 규정에 따라 소득세를 과세합니다.
시가 이하 발행이익이 발생한 경우에도 시가 초과분은 양도소득세의 과세이연 특례를 적용할 수 있습니다.
5. 주식 양도 시 양도소득세 과세
적격주식매수선택권 행사 시 소득세를 과세하지 않고 과세이연된 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식을 양도하여 발생하는 양도소득에 대해서는 주식등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세합니다. 다만 조특법 제16조의 2에 따라 비과세되는 금액은 양도소득세 과세에서 제외합니다.
주권상장법인의 대주주가 아닌 주주의 장내 거래는 양도소득세가 비과세됨에도 불구하고 본 특례가 적용되어 양도소득세를 과세합니다.
양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 합니다.
양도소득금액 = 양도가액 – 실제 매수가액등* – 비과세 금액** – 시가이하 발행이익***
•
적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액과 적격주식매수선택권 부여 당시의 시가 중 큰 금액. 시가는 행사 당시의 시가가 아니라 부여 당시의 시가임에 주의할 것.
•
* 조특법 제16조의 2에 따라 비과세되는 금액
•
** 시가 이하 발행이익에 대해 조특법 제16조의 2에 따라 비과세를 적용받은 금액
6. 사후관리
주식매수선택권 행사 이후 이하의 특정한 상황에서는 소득세를 과세하며, 이 경우 소득의 귀속시기로 하는 과세연도는 이하와 같습니다.
(조특법 제16조의4 제5항, 시행령 제14조의4 제8항)
① 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우 : 증여일 또는 처분일이 속하는 과세연도를 소득의 귀속시기로 보되, 이하의 부득이한 사유가 있는 경우는 제외합니다.
ⅰ) 주식매수선택권을 부여한 벤처기업이 파산하는 경우
ⅲ) 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식을 처분하는 경우
ⅲ) 합병․분할 등에 따라 해당 법인의 주식을 처분하고 합병법인 또는 분할 신설법인의 신주를 지급받는 경우
② 전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우 : 그 초과한 날이 속하는 과세연도
전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우, 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기가누터 해당 행사일이 속하는 과세기간, 즉 3년간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익을 과세 대상으로 합니다.
③ 과세특례 전용계좌로 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 외의 주식을 거래한 경우 : 그 주식을 최초로 거래한 날이 속하는 과세연도
7. 마무리하며
벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세이연 특례는 단순한 세금 유예가 아니라, 임직원의 장기 보유를 장려하고 기업 성장의 성과를 함께 공유할 수 있도록 설계된 제도입니다.
특히 최고 누진세율이 적용되는 근로·기타소득 대신, 상대적으로 낮은 세율의 양도소득으로 전환해 과세함으로써 실질적인 세부담을 줄일 수 있다는 점에서 실무적 가치가 큽니다.
다만, 전용계좌 개설·관리, 행사금액 한도(3년간 5억 원), 사후관리 요건(주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 1년 이내에 처분하는 경우) 등 법령상 절차를 엄격히 준수해야만 특례 적용이 유지됩니다. 따라서 벤처기업 임직원이라면 본 특례를 적극적으로 검토하되, 반드시 전문가의 검토를 거쳐 안전하게 활용하는 것이 바람직합니다.
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