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벤처투자회사가 벤처기업에 투자하는 경우 양도차익에 대한 법인세 비과세 요건은?

Published On
2026/04/30
Author
조용립/임혜수회계사
Category
벤처기업

벤처투자회사가 벤처기업에 투자하는 경우 양도차익에 대한 법인세 비과세 요건은?

벤처투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세[조특법 제13조]

1. 벤처투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세란 무엇인가?

벤처캐피털회사가 직접 또는 벤처투자조합등을 통하여 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업, 신기술창업전문회사 및 코넥스상장중소기업 등에 출자하여 취득한 주식의 양도차익 및 배당소득에 대해서 법인세를 비과세하는 제도입니다. 또한 기금운용법인 등이 창업기업 등에게 출자하여 취득한 주식의 양도차익에 대해서도 법인세를 비과세합니다.
과세특례의 내용은 벤처캐피털회사 등이 벤처기업 등에 출자한 경우, 배당소득에 대해서 비과세합니다. 이후 벤처사업 등이 성공하여 해당 출자금을 회수하는 때, 출자주식을 양도함에 따라 발생하는 주식양도차익에 대해서 비과세하는 제도입니다.
[개정연혁]
연도
개정내용
2020년
ㆍ 특례 출자 방식 추가: 유상증자 시 6개월 이내에 엔젤투자자가 3년 이상 보유한 구주식 등을 매입하는 경우에도 비과세
2023년
ㆍ 엔젤투자자 지분 인수 한도 확대: 유상증자 대금의 10% -> 30%
2024년
ㆍ 특례대상 추가: 민간재간접벤처투자조합을 통한 간접 출자
2025년
ㆍ 배당소득 비과세 확대: 벤처투자조합을 통하여 벤처투자목적회사에 출자함으로써 받는 배당소득 등에 대하여도 비과세함(기금운용법인 추가)

2. 요건

(1) 특례대상 출자

[벤처캐피털회사, 벤처투자조합등의 직간접 출자 관계도]

(2) 출자방식

(2-1) 벤처투자회사등의 투자

조특법 제13조 제1항 제1호부터 제4호까지 및 제7호를 적용할 때 출자는 벤처투자회사, 창업기획자, 벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등은 직접 또는 벤처투자조합등을 통하여, 민간재간접벤처투자조합의 업무집행조합원은 민간재간접벤처투자조합을 통하여 아래의 표 중 하나에 해당하는 방법으로 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 합니다.
투자 적격 주식의 취득방법
① 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법
② 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자 시 증자대금을 납입하거나 잉여금을 자본으로 전입하는 방법(무상증자), 또는 채무를 자본으로 전환하는 방법 (예, 출자전환, CB전환)
③ 위 유상증자의 증자대금 납입일부터 6개월 이내에 ‘엔젤투자자의 구주()’를 매입하는 방법(단, 유상증자대금의 30% 한도) (*) 조특법 제16조 제1항에 따른 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제를 적용받아 소유하고 있는 주식으로서 해당 거주자의 투자일부터 3년이 지난 주식
다만, 벤처투자회사 및 창업기획자의 투자, 신기술사업금융업자의 투자, 창투조합등을 통한 투자, 기금운용법인등의 창투조합등을 통한 투자(조특법 제13조제1항제1호~제4호)의 경우에는 위의 표 중 ③의 방법을 제외하고는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외합니다.
2020년 개정세법에서 엔젤투자자의 벤처투자자금 회수를 지원하기 위하여 엔젤투자 지분 인수 시에도 비과세 특례를 지원합니다. 개정규정은 2020.1.1. 이후 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입하는 분부터 적용합니다.
2023년 개정세법에서 종래 개인투자자가 벤처기업 등에 투자하여 소유하고 있는 주식 등을 매입한 경우에 과세특례를 적용받을 수 있는 한도를 증자대금의 10%에서 30%로 확대하였습니다. 2023.1.1. 전에 매입한 주식 또는 출자지분을 2023.1.1. 이후 양도하여 발생하는 양도차익 및 2023.1.1. 전에 매입한 주식 또는 출자지분에 대하여 2023.1.1. 이후 받는 배당소득에 대한 법인세 비과세의 범위에 관하여는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따릅니다.

(2-2) 코넥스상장중소기업에 대한 투자 

조특법 제13조 제1항 제5호 또는 제6호를 적용할 때 출자는 벤처투자회사, 벤처기업출자유한회사 또는 신기술사업금융업자가 직접 또는 벤처투자조합등을 통하여 아래의 표 중 하나에 해당하는 방법으로 코넥스상장기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 합니다.
투자 적격 주식의 취득방법
① 해당 기업이 상장된 후 2년 이내에 유상증자 시 증자대금을 납입하거나 잉여금을 자본으로 전입하는 방법(무상증자), 또는 채무를 자본으로 전환하는 방법 (예, 출자전환, CB전환)
② 위 유상증자의 증자대금 납입일부터 6개월 이내에 ‘엔젤투자자의 구주()’를 매입하는 방법(단, 유상증자대금의 10% 한도) (*) 조특법 제16조 제1항에 따른 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제를 적용받아 소유하고 있는 주식으로서 해당 거주자의 투자일부터 3년이 지난 주식
다만, 위 ①의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외합니다.

(2-3) 합병ㆍ분할로 인한 취득

특례 대상 주식등을 발행한 법인이 분할 또는 합병된 경우, 그 분할∙합병 등으로 인하여 취득한 주식등도 특례의 대상이 되는지 여부에 관한 사례입니다.
신기술사업자의 물적분할로 취득한 주식의 양도차익 (비과세)
신기술사업자에게 출자하여 취득한 주식을 해당 신기술사업금융업부문의 적격물적분할로 신설된 분할신설법인이 승계받은 후 양도하는 경우에, 당해 양도차익에 대하여는 법인세가 비과세 됩니다.
합병교부주식의 양도차익 (과세)
벤처투자회사가 합병 후 존속법인(합병법인)으로부터 합병으로 인하여 취득하는 주식(합병교부주식)을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 과세합니다. 다만 합병 당시 합병법인(중소기업창업지원법에 따른 창업자 또는 벤처기업에 한함)으로부터 합병교부주식을 출자방식에 준하는 방법으로 취득한 후 합병교부주식을 양도하는 경우에는 법인세를 부과하지 아니합니다.

3. 과세 특례의 내용

3-1. 주식양도차익의 비과세

특례대상 주식등을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니합니다.
양도차익은 해당 주식등의 양도가액에서 취득가액 및 주식등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용을 차감한 금액을 말합니다.

(가) 비과세 주식등 수량

특례대상 주식등과 다른 방법으로 취득한 주식등을 함께 보유하고 있는 벤처투자회사 또는 신기술사업금융업자(이하 "벤처투자회사등")가 보유주식등의 일부를 양도하는 경우에는 먼저 취득한 주식등을 먼저 양도한 것으로 봅니다(선입선출법).

(나) 취득가액 계산

벤처투자회사등이 취득한 주식 등의 취득가액은 총평균법 또는 이동평균법 중 당해 기업이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법으로 계산합니다.

3-2. 배당소득의 비과세

아래의 특례대상 배당소득에 대해서는 법인세를 부과하지 아니합니다.
특례대상 배당소득의 범위
① 벤처투자회사, 창업기획자, 벤처기업출자유한회사 또는 신기술사업금융업자가 특례 대상 주식등에 대한 출자로 인하여 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업, 신기술창업전문회사 또는 코넥스상장기업으로부터 받는 배당소득
② 벤처투자조합을 통하여 벤처투자목적회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득
③ 기금운용법인등이 벤처투자조합을 통하여 벤처투자목적회사에 출자함으로써 발생하는 배당소득
의제배당에 대한 배당소득 (비과세)
중소기업창업투자회사가 창업자 또는 벤처기업의 주식을 취득한 후, 창업자 또는 벤처기업이 다른 회사에 흡수 합병되면서 지급받은 금액(의제배당)에 대하여는 배당소득에 대한 법인세를 부과하지 않습니다.

3-3. 증권거래세의 면제

본 특례와 관련하여 주식등의 양도시 증권거래세를 면제하고 있습니다.

4. 마무리하며

벤처투자회사 등의 주식양도차익 비과세 제도는 단순한 세금 혜택이 아니라, 벤처투자를 촉진하기 위한 정부의 정책적 신호라 할 수 있습니다. 투자자는 세 부담 없이 수익을 회수할 수 있어 적극적인 투자가 가능해지고, 기업은 성장자금을 안정적으로 확보할 수 있습니다.
즉, 투자와 성장이 서로를 뒷받침하는 선순환을 형성함으로써, 우리 경제 전반의 혁신 생태계가 더욱 활발해질 수 있는 기반이 되는 것입니다.
따라서 제도의 취지를 이해하고, 비과세 요건과 적용범위를 정확히 숙지하여 실무에 반영하는 것이 중요합니다.

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