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벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례

Published On
2025/11/26
Author
조용립/임혜수회계사
Category
스타트업 경영

벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례 [제16조의2]

‘주식매수선택권’(스톡옵션, Stock Option)이란 정관이 정하는 바에 따라 주주총회의 특별결의에 의하여 해당 법인의 설립·경영·해외영업 또는 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 해당 법인 또는 해당 법인의 관계회사의 임직원에게 미리 정한 가격으로 해당 법인의 주식을 매수할 수 있도록 부여한 권리를 말합니다.
소득세법상 주식매수선택권 행사이익은 근로기간 중 행사하는 경우에는 근로소득으로, 퇴직 후 행사하는 경우에는 기타소득으로 과세됩니다. 그러나 소득세법은 누진세 구조를 채택하고 있어, 장기간에 걸쳐 발생한 이익이 주식매수선택권 행사 시점에 일시에 과세되면 높은 세율이 적용되어 상당한 세부담이 발생할 수 있습니다.
이러한 세부담을 완화하기 위해 조세특례제한법에서는 비과세 특례, 양도소득으로 과세이연, 분할납부와 같은 세제 혜택을 두고 있습니다.
이번 글에서는 이 중 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례를 중심으로 살펴보겠습니다.

1. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례란 무엇인가?

벤처기업 또는 벤처기업이 발행주식 총수의 30% 이상을 인수한 기업의 임원 또는 종업원이 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 이익 중 연간 2억원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니하는 특례입니다. 다만, 소득세를 과세하지 아니하는 벤처기업 주식매수선택권 행사이익의 벤처기업별 총 누적 금액은 5억원을 초과하지 못합니다.
2023년 세법개정에서 비과세 한도액을 2억원으로 증액한 규정은 2023.1.1. 이후 행사분부터 적용합니다. 2023.1.1. 전에 주식매수선택권을 행사하여 얻은 이익은 벤처기업별 총 누적 5억원 한도에 포함하지 않습니다. 따라서 다음의 표와 같이 부여 일자별 또는 행사 일자별로 비과세 한도가 달리 적용됨에 유의하여야 합니다.
또한, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익이란 주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말합니다. 행사이익을 계산함에 있어, 주식매수선택권의 행사일이란 ‘주식매수선택권 행사로 주식이 통장에 입고되어 처분가능한 날’이 아니라 ‘주식매수선택권을 사용하겠다는 의사표시를 한 날’로 합니다.
상장 주식에 대한 행사한 경우의 시가는 행사일의 상장주식 종가로 하며, 별도 거래가격이 존재하지 않는 비상장주식의 경우 법인세법 시행령 제89조를 준용하여 계산한 금액을 합니다.

2. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례 요건

과세 특례의 주체는 벤처기업 또는 벤처기업이 발행주식 총수의 30% 이상을 인수한 기업의 임원 또는 종업원입니다.
벤처기업으로부터 주식매수선택권을 부여받았으나 이를 행사할 때 그 주식매수선택권의 부여법인이 벤처기업에 해당하지 않게 되었다 하더라도, 조세특례제한법 제16조의2, 제16조의3, 제16조의4에 규정된 각각의 요건을 충족한 경우라면 해당 특례를 적용받을 수 있습니다.
벤처기업 임원등이 해당 벤처기업으로부터 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3에 따라 부여받은 (비상장법인이 발행한) 주식매수선택권 및 상법 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 코넥스상장기업으로부터 부여받은 주식매수선택권을 행사하여야 합니다.
즉, 벤처기업법에 따라 비상장법인이 부여한 스톡옵션과 상법에 따라 코넥스상장기업이 부여한 스톡옵션만을 특례 대상으로 합니다. 조특법 제16조의3 분할납부특례에서는 모든 법인을 대상으로 하는데 반하여 본 비과세 특례에서는 코스피 상장법인과 코스닥 상장법인을 제외함에 유의하여야 합니다.
재직 중 행사뿐 아니라 퇴직 후 행사하는 경우도 포함하며 주식에는 신주인수권을 포함합니다.

3. 마무리하며

스톡옵션은 임직원이 회사의 성과와 가치를 함께 공유할 수 있는 강력한 보상 수단이지만, 행사 시점에 따라 세금 부담이 크게 달라질 수 있습니다. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례는 이러한 세부담을 줄여주고, 혁신 기업이 핵심 인재를 장기간 유지할 수 있도록 돕는 제도입니다.
다만, 적용 요건과 비과세 한도, 행사이익 계산 방식 등 세부 규정이 복잡하므로, 실제 행사 전 관련 법령과 개정 내용을 면밀히 검토하는 것이 필요합니다. 특히 부여 시기와 행사 시기에 따라 비과세 한도가 달라질 수 있으므로, 사전에 세무 전문가와 상담하여 세금 부담을 계획하는 것이 바람직합니다. 이러한 준비 과정을 거친다면, 스톡옵션을 보다 효율적으로 활용하여 세금 부담을 줄이고 실질적인 보상을 극대화할 수 있을 것입니다.
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