합병시 세금을 내지 않아도 되는 경우는?
■ 적격합병 요건 및 사후관리요건
기업 구조조정 과정에서 합병은 흔히 활용되는 수단입니다. 그런데 합병이 이루어지면 세법상 피합병법인이 자산을 양도한 것으로 보아 법인세, 배당소득세 등 상당한 세금이 부과되는 것이 원칙입니다. 다행히 세법은 일정 요건을 갖춘 '적격합병'에 대해서는 합병 당시 과세를 이연해 주는 혜택을 부여하고 있습니다. 이번 글에서는 적격합병으로 인정받기 위한 요건과, 혜택을 유지하기 위한 사후관리 요건을 상세히 살펴보겠습니다.
(1) 적격합병이란?
적격합병이란 합병 전·후의 사업 동일성이 실질적으로 유지된다고 인정되는 합병으로, 법인세법 제44조 제2항에서 규정하고 있습니다. 적격합병에 해당하면 피합병법인의 합병양도차익에 대한 법인세 과세가 이연되고, 피합병법인 주주의 의제배당에 대한 과세도 이연됩니다.
(2) 적격합병 요건 (법인세법 제44조 제2항)
다음 4가지 요건을 모두 충족하여야 적격합병으로 인정받을 수 있습니다. 완전지배관계 법인 간 합병의 경우 예외적으로 적격합병 요건을 충족하지 않더라도 특례가 적용됩니다.
① 사업목적 합병 요건
합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인이 각각 1년 이상 사업을 계속한 내국법인이어야 합니다. 사업 영위기간은 합병등기일부터 소급하여 1년 동안 사실상 휴업·폐업 없이 법인등기부상 목적사업을 영위한 경우를 말합니다. 합병등기일 전 1년 이내에 합병·분할 등이 있는 경우 사업의 연속성이 유지된 것으로 봅니다.
※ 예외: 기업인수목적회사(SPAC)로서 자본시장법 시행령의 요건을 갖춘 법인은 사업 영위기간 1년 미만이더라도 해당 요건을 충족한 것으로 봅니다.
② 지분의 연속성 요건 (합병대가 및 주식보유 요건)
다음 3가지를 모두 충족해야 합니다.
요건 1 | 피합병법인의 기존 주주가 받은 합병대가의 80% 이상이 합병법인 주식일 것 |
요건 2 | 피합병법인의 지배주주가 보유하던 지분비율 이상이 배정될 것 |
요건 3 | 피합병법인의 지배주주는 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 합병신주를 계속 보유할 것 |
합병대가의 80% 이상을 주식으로 받았는지를 판정할 때, 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식이 있는 경우에는 그 주식의 가액을 금전으로 교부한 것으로 보아 판정하므로 주의가 필요합니다.
지분보유 요건의 부득이한 사유 (아래 해당 시 처분하더라도 요건 충족으로 봄)•
합병신주의 50% 미만을 처분한 경우
•
지배주주가 사망하거나 파산하여 주식을 처분한 경우
•
적격합병·적격분할·적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 주식을 처분한 경우
•
조세특례제한법 제38조 등에 따라 현물출자·교환·이전하고 과세이연 받으면서 처분한 경우
•
법원 허가를 받아 회생절차에 따라 처분하는 경우
•
기업개선 계획 이행을 위한 약정에 따라 처분하는 경우
•
법령상 의무를 이행하기 위하여 처분하는 경우
③ 사업의 계속성 요건
합병법인은 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속하여야 합니다. 피합병법인으로부터 승계한 자산 가액의 50% 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 이 요건을 충족하지 못한 것으로 봅니다.
사업계속 요건의 부득이한 사유(아래 해당 시 처분하더라도 요건 충족으로 봄)•
합병법인이 파산함에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우
•
적격합병·적격분할·적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 사업을 폐지한 경우
•
기업개선 계획의 이행을 위한 약정에 따라 사업을 폐지한 경우
•
법원 허가를 받아 회생절차에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우
④ 고용 승계 요건
적격합병을 위해서는 고용 승계 요건을 추가로 갖추어야 합니다. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 근로자 중 합병법인이 승계한 비율이 80% 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지하여야 합니다.
고용 승계 대상 근로자는 근로기준법상 근로계약을 체결한 내국인 근로자입니다. 다만, 다음에 해당하는 근로자는 승계 대상에서 제외됩니다.
u 고용 승계 대상에서 제외되는 근로자
•
법인의 임원 (회장, 사장, 부사장, 이사회 구성원, 감사 등)
•
합병등기일이 속하는 사업연도 종료일 이전에 정년이 도래하여 퇴직이 예정된 근로자
•
합병등기일이 속하는 사업연도 종료일 이전에 사망하거나 질병·부상 등으로 퇴직한 근로자
•
소득세법상 일용근로자
•
근로계약기간이 6개월 미만인 근로자 (단, 연속 갱신으로 합병등기일 1개월 전 기준 총 계약기간이 1년 이상이면 제외 대상에서 다시 제외)
•
금고 이상의 형 선고 등 고용보험법 제58조 제1호의 중대한 귀책사유로 퇴직한 근로자
고용 승계 요건의 부득이한 사유 (아래 해당 시 비율 미유지라도 요건 충족으로 봄)•
합병법인이 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생계획을 이행 중인 경우
•
합병법인이 파산함에 따라 근로자의 비율을 유지하지 못한 경우
•
적격합병·적격분할·적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 근로자 비율을 유지하지 못한 경우
•
합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 내국인 근로자가 5명 미만인 경우
(3) 특례: 완전지배관계 법인 간 합병 (법인세법 제44조 제3항)
완전모자회사 또는 완전자매회사 간 합병은 위 일반 적격합병 요건
(①~④)에 불구하고, 사업계속 요건 하나만 충족하면 적격합병으로 인정됩니다. 합병 전·후의 실질이 동일하다고 보기 때문입니다.
(4) 적격합병의 사후관리 요건
적격합병 요건을 갖추어 과세이연을 받았더라도, 사후관리기간 내에 아래 사유가 발생하면 이연된 세금이 추징됩니다.
구분 | 사후관리기간 |
사업폐지·주식처분 요건 | 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일부터 2년간 |
고용 유지 요건 | 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일부터 3년간 |
※ 예외: 지방세법상 취득세 감면의 경우 모든 사후관리요건에 대해 합병등기일부터 3년간 사후관리기간으로 두고 있으므로 유의하여야 합니다.
① 사업 폐지
합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 (자산 가액의 50% 이상 처분·미사용 시 폐지로 간주)
사업계속 요건의 부득이한 사유•
합병법인이 파산함에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우
•
적격합병·적격분할·적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 사업을 폐지한 경우
•
기업개선 계획의 이행을 위한 약정에 따라 사업을 폐지한 경우
•
법원 허가를 받아 회생절차에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우
② 주식 처분
피합병법인의 지배주주가 합병법인으로부터 받은 주식을 처분하는 경우
지분보유 요건의 부득이한 사유•
합병신주의 50% 미만을 처분한 경우
•
지배주주가 사망하거나 파산하여 주식을 처분한 경우
•
적격합병·적격분할·적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 주식을 처분한 경우
•
조세특례제한법 제38조 등에 따라 현물출자·교환·이전하고 과세이연 받으면서 처분한 경우
•
법원 허가를 받아 회생절차에 따라 처분하는 경우
•
기업개선 계획 이행을 위한 약정에 따라 처분하는 경우
•
법령상 의무를 이행하기 위하여 처분하는 경우
③ 고용 유지 미달 (3년간)
각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 근로자 수가 합병등기일 1개월 전 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 80% 미만으로 하락하는 경우
고용 유지 요건의 부득이한 사유•
합병법인이 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생계획을 이행 중인 경우
•
합병법인이 파산함에 따라 근로자의 비율을 유지하지 못한 경우
•
적격합병·적격분할·적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 근로자 비율을 유지하지 못한 경우
(5) 적격합병 요건 한눈에 보기
요건 | 일반 합병 | 사후관리 (위반 시 추징) |
사업목적 요건 ① | 합병 전 1년 이상 사업계속 | — |
지분연속성 요건 ② | 합병대가 80% 이상 주식 지배주주 주식 보유 유지 | 주식 처분 시 추징 (2년) |
사업계속 요건 ③ | 사업연도 종료일까지 계속 | 사업 폐지 시 추징 (2년) |
고용승계 요건 ④ | 합병등기일 1개월 전 근로자의 80% 이상 승계·유지 | 고용 80% 미달 시 추징 (3년) |
(6) 마치며
적격합병은 합병 시점에 4가지 요건을 모두 충족해야 할 뿐 아니라, 합병 후 최대 3년간의 사후관리기간 동안도 사업 계속, 주식 보유, 고용 유지 요건을 지속적으로 관리해야 합니다.
합병을 계획 중이시거나 적격합병 요건 충족 여부에 대한 검토가 필요하신 분들은 전문가와 상담하시기를 권장합니다.
<관련법령>
법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】
② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 “적격합병”이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. (2018. 12. 24. 개정)
1.
합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다. (2021. 12. 21. 단서개정)
2.
피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것 (2018. 12. 24. 개정)
3.
합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다. (2021. 12. 21. 개정)
4.
합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것 (2017. 12. 19. 신설)
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. (2018. 12. 24. 개정)
1.
내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우 (2016. 12. 20. 신설)
2.
동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우 (2016. 12. 20. 신설)
법인세법 시행령 제80조의 2 【적격합병의 요건 등】
① 법 제44조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2010. 6. 8. 신설)
1.
법 제44조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 (2010. 6. 8. 신설)
가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 “해당 주주등”이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 않고, 해당 주주등이 합병법인 주식등을 처분하는 경우에는 합병법인이 선택한 주식등을 처분하는 것으로 본다. (2019. 2. 12. 후단개정)
나. 해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우 (2012. 2. 2. 개정)
다. 해당 주주등이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 주식등을 처분한 경우 (2019. 2. 12. 개정)
라. 해당 주주등이 「조세특례제한법」 제38조ㆍ제38조의 2 또는 제121조의 30에 따라 주식등을 현물출자 또는 교환ㆍ이전하고 과세를 이연받으면서 주식등을 처분한 경우 (2018. 2. 13. 개정)
마. 해당 주주등이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식등을 처분하는 경우 (2012. 2. 2. 개정)
바. 해당 주주등이 「조세특례제한법 시행령」 제34조 제6항 제1호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 주식등을 처분하는 경우 (2018. 2. 13. 개정)
사. 해당 주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우 (2014. 9. 26. 목번개정)
1.
법 제44조 제2항 제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 (2010. 6. 8. 신설)
가. 합병법인이 파산함에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우 (2010. 6. 8. 신설)
나. 합병법인이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 사업을 폐지한 경우 (2012. 2. 2. 개정)
다. 합병법인이 「조세특례제한법 시행령」 제34조 제6항 제1호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우 (2018. 2. 13. 개정)
라. 합병법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우 (2010. 6. 8. 신설)
1.
법 제44조 제2항 제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 (2018. 2. 13. 신설)
가. 합병법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」 제193조에 따른 회생계획을 이행 중인 경우 (2018. 2. 13. 신설)
나. 합병법인이 파산함에 따라 근로자의 비율을 유지하지 못한 경우 (2018. 2. 13. 신설)
다. 합병법인이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 근로자의 비율을 유지하지 못한 경우 (2018. 2. 13. 신설)
라. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자가 5명 미만인 경우 (2018. 2. 13. 신설)
② 법 제44조 제2항 제1호 단서 및 같은 항 제3호 단서에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란 각각 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제6조 제4항 제14호에 따른 법인으로서 같은 호 각 목의 요건을 모두 갖춘 법인(이하 이 조에서 “기업인수목적회사”라 한다)을 말한다. (2022. 2. 15. 개정)
③ 법 제44조 제2항 제2호에 따른 피합병법인의 주주등이 받은 합병대가의 총합계액은 제80조 제1항 제2호 가목에 따른 금액으로 하고, 합병대가의 총합계액 중 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 주식등(이하 이 조에서 “합병교부주식등”이라 한다)의 가액이 법 제44조 제2항 제2호의 비율 이상인지를 판정할 때 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식등이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 본다. 이 경우 신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우로서 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등이 있는 경우에는 그 다른 피합병법인의 주식등을 취득한 피합병법인을 합병법인으로 보아 다음 각 호를 적용하여 계산한 금액을 금전으로 교부한 것으로 한다. (2026. 2. 27. 개정)
1.
합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조 제7항에 따른 지배주주등이 아닌 경우: 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식등이 피합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 합병포합주식 등에 대하여 교부한 합병교부주식등(제80조 제1항 제2호 가목 단서에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보는 경우 그 주식등을 포함한다)의 가액 (2012. 2. 2. 개정)
2.
합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조 제7항에 따른 지배주주등인 경우: 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식등에 대하여 교부한 합병교부주식등(제80조 제1항 제2호 가목 단서에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보는 경우 그 주식등을 포함한다)의 가액 (2012. 2. 2. 개정)
④ 법 제44조 제2항 제2호에 따라 피합병법인의 주주등에 합병으로 인하여 받은 주식등을 배정할 때에는 해당 주주등에 다음 계산식에 따른 가액 이상의 주식등을 각각 배정하여야 한다. (2025. 2. 28. 개정)
피합병법인의 주주등이 지급받은 제80조 제1항 제2호 가목에 따른 합병교부주식등의 가액의 총합계액 × 각 해당 주주등의 피합병법인에 대한 지분비율(피합병법인의 자기주식 또는 자기출자지분에 대해 합병교부주식등을 배정하지 않는 경우에는 피합병법인의 자기주식 또는 자기출자지분을 제외하고 산정한 지분비율을 말한다)
⑤ 법 제44조 제2항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등”이란 피합병법인의 제43조 제3항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주등을 말한다. (2010. 12. 30. 항번개정)
1.
제43조 제8항 제1호 가목의 친족 중 4촌인 혈족 (2023. 2. 28. 개정)
2.
합병등기일 현재 피합병법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자 (2010. 6. 8. 신설)
3.
기업인수목적회사와 합병하는 피합병법인의 지배주주등인 자 (2022. 2. 15. 개정)
4.
피합병법인인 기업인수목적회사의 지배주주등인 자 (2022. 2. 15. 신설)
⑥ 법 제44조 제2항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 근로자”란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자를 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 근로자는 제외한다. (2018. 2. 13. 신설)
1.
제40조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원 (2019. 2. 12. 개정)
2.
합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 「고용상 연령차별금지 및 고령자고용촉진에 관한 법률」 제19조에 따른 정년이 도래하여 퇴직이 예정된 근로자 (2018. 2. 13. 신설)
3.
합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 사망한 근로자 또는 질병ㆍ부상 등 재정경제부령으로 정하는 사유로 퇴직한 근로자 (2025. 12. 30. 직제개정 ; 재정경제부 직제 부칙)
4.
「소득세법」 제14조 제3항 제2호에 따른 일용근로자 (2018. 2. 13. 신설)
5.
근로계약기간이 6개월 미만인 근로자. 다만, 근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 합병등기일 1개월 전 당시 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다. (2018. 2. 13. 신설)
6.
금고 이상의 형을 선고받는 등 재정경제부령으로 정하는 근로자의 중대한 귀책사유로 퇴직한 근로자 (2025. 12. 30. 직제개정 ; 재정경제부 직제 부칙)
⑦ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 자산가액(유형자산, 무형자산 및 투자자산의 가액을 말한다. 이하 이 관 및 제156조 제2항에서 같다)의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조 제2항 제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다. (2019. 2. 12. 개정)
법인세법 제44조의 3 【적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례】 (2018. 12. 24. 제목개정)
③ 적격합병(제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다)을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의 2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. (2018. 12. 24. 개정)
1.
합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 (2010. 12. 30. 개정)
2.
대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우 (2010. 12. 30. 개정)
3.
각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 “근로자”라 한다) 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우 (2017. 12. 19. 신설)
법인세법 시행령 제80조의 4 【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】
③ 법 제44조의 3 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년(같은 항 제3호의 경우에는 3년)을 말한다. (2018. 2. 13. 개정)
④ 합병법인이 법 제44조의 3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 계상된 자산조정계정 잔액의 총합계액(총합계액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 총합계액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)과 법 제44조의 3 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 결손금 중 공제한 금액 전액을 익금에 산입한다. 이 경우 제1항에 따라 계상된 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다. (2010. 12. 30. 항번개정)
⑤ 제4항에 따라 자산조정계정 잔액의 총합계액을 익금에 산입한 경우 합병매수차익 또는 합병매수차손에 상당하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다. (2010. 12. 30. 개정)
1.
합병 당시 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가에 미달하는 경우: 합병매수차익에 상당하는 금액을 법 제44조의 3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 손금에 산입하고, 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 다음 각 목의 구분에 따라 분할하여 익금에 산입 (2010. 6. 8. 신설)
가. 법 제44조의 3 제3항 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도: 합병매수차익에 합병등기일부터 해당 사업연도 종료일까지의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다)을 익금에 산입 (2025. 2. 28. 개정)
나. 가목의 사업연도 이후의 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도: 합병매수차익에 해당 사업연도의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(합병등기일이 속하는 월의 일수가 1월 미만인 경우 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 월은 없는 것으로 한다)을 익금에 산입 (2010. 6. 8. 신설)
1.
합병 당시 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우: 합병매수차손에 상당하는 금액을 법 제44조의 3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하되, 제80조의 3 제2항에 해당하는 경우에 한정하여 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 다음 각 목의 구분에 따라 분할하여 손금에 산입 (2010. 6. 8. 신설)
가. 법 제44조의 3 제3항 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도: 합병매수차손에 합병등기일부터 해당 사업연도 종료일까지의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다)을 손금에 산입 (2025. 2. 28. 개정)
나. 가목의 사업연도 이후의 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도: 합병매수차손에 해당 사업연도의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(합병등기일이 속하는 월의 일수가 1월 미만인 경우 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 월은 없는 것으로 한다)을 손금에 산입 (2010. 6. 8. 신설)
⑥ 합병법인이 법 제44조의 3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 합병법인의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 제85조 제1호에 따라 승계한 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 빼며, 피합병법인으로부터 승계하여 공제한 감면 또는 세액공제액 상당액을 해당 사유가 발생한 사업연도의 법인세에 더하여 납부하고, 해당 사유가 발생한 사업연도부터 적용하지 아니한다. (2012. 2. 2. 개정)
⑦ 법 제44조의 3 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2010. 12. 30. 항번개정)
1.
법 제44조의 3 제3항 제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 합병법인이 제80조의 2 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 (2010. 6. 8. 신설)
2.
법 제44조의 3 제3항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 제9항에 따른 주주등이 제80조의 2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 (2010. 12. 30. 개정)
3.
법 제44조의 3 제3항 제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 합병법인이 제80조의 2 제1항 제3호 가목부터 다목까지 중 어느 하나에 해당하는 경우 (2018. 2. 13. 신설)
⑧ 합병법인이 제3항에 따른 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다. (2019. 2. 12. 개정)
⑨ 법 제44조의 3 제3항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등”이란 제80조의 2 제5항에 따른 주주등을 말한다. (2010. 12. 30. 개정)
⑩ 법 제44조의 3 제3항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 근로자”란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자를 말한다. (2018. 2. 13. 신설)
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