완전자회사끼리 합병하며 사라진 주식, 손금처리 될까?
무증자합병과 피합병법인 주식의 손금 인정 여부-조심2024서 3654결정
여러 자회사를 거느린 기업은 구조조정 과정에서 자회사를 하나로 합치곤 합니다. 이때 자주 쓰는 방식이 새 주식(합병신주)을 발행하지 않는 무증자 흡수합병입니다. 그런데 이렇게 합병하면 모회사가 보유하던 피합병법인(흡수되어 사라지는 회사) 주식이 대체 주식 없이 소멸하는데, 그 장부가액을 손금(비용)으로 처리할 수 있는지가 오랜 쟁점이었습니다.
최근 조세심판원은 완전자회사 간 무증자합병으로 소멸한 주식의 장부가액을 모회사의 손금으로 인정한 결정을 내렸습니다(조심2024서3654, 2026.5.28.). 다만 이는 2024.2.29. 시행령 개정 전의 합병에 관한 판단이라는 점이 중요합니다.
(1) 사건 개요 — 무엇이 문제였나
식품 제조ㆍ판매업을 하는 모회사(청구법인)에게는 100% 자회사가 여럿 있었습니다. 그중 완전자회사인 ㈜B가 2021.11.1. 또 다른 완전자회사인 ㈜C를 무증자 흡수합병했습니다. 즉 합병 당사자는 자회사 B와 C이고, 모회사는 두 회사를 모두 100% 보유한 주주였습니다.
모회사는 합병 후 회계상 소멸한 C 지분의 장부가액을 차감하고 그만큼을 존속법인 B 지분 장부가액에 가산했습니다. 이후 "소멸한 C 주식의 세무상 장부가액은 손금에 해당한다"며 2021사업연도 법인세 경정청구를 냈으나, 과세관청이 이를 거부하자 심판청구를 제기했습니다.
(2) 쟁점
완전자회사 간 무증자 흡수합병으로 소멸한 피합병법인 주식의 장부가액을, 합병일이 속하는 사업연도에 모회사의 손금으로 인정할 수 있는지 여부입니다.
(3) 조세심판원의 판단 — 손금 인정 (인용)
심판원은 모회사의 손을 들어주며 경정청구 거부처분을 취소했습니다. 논리는 다음과 같습니다.
첫째, 완전자회사 간 합병에서 모회사가 보유한 피합병법인 주식의 손금 여부는 법인세법상 주식의 취득ㆍ보유ㆍ처분 및 합병 관련 규정에 따라 판단하되, 명시되지 않은 사안은 손금의 일반규정인 「법인세법」 제19조에 따라 판단해야 합니다.
둘째, 무증자합병에서는 합병신주가 교부되지 않아 피합병법인 주식이 신주로 대체됨 없이 소멸합니다. 모회사 입장에서는 그 합병구주(소멸한 주식)의 장부가액만큼 순자산이 감소해 손익이 확정되므로, 그 가액은 제19조의 손금에 해당합니다.
셋째, 소멸한 피합병법인 주식가액을 존속법인 주식가액에 가산할 법령상 근거가 없는 상황에서 이를 가산해 증액하는 것은 근거 없는 임의평가증에 해당해 법인세법상 허용되지 않습니다(제42조상 주식 평가는 원칙적으로 불허).
넷째, 2024.2.29. 신설된 시행령 규정(제72조 제5항 제1호의3)은 이러한 손금화를 정책적으로 막기 위해 마련된 창설적 규정이므로, 그 시행 전에 이루어진 이 사건 합병에는 소급 적용할 수 없습니다.
(4) 실무 시사점 — 언제 손금이 되는가
이 결정의 핵심은 두 가지 조건을 함께 충족할 때에만 손금이 인정된다는 점입니다. ① 모회사가 직접 합병하는 것이 아니라 완전자회사끼리(형제 자회사 간) 무증자합병일 것, ② 그 합병이 2024.2.29. 시행령 개정 전에 이루어졌을 것입니다.
주의할 점은, 2024.2.29. 개정 이후에는 완전자회사 간 무증자합병이라도 소멸 주식 취득가액을 합병법인 주식에 가산하도록 규정이 신설되어, 더 이상 손금으로 떨어낼 수 없다는 것입니다. 결국 이 결정은 개정 전 합병에 한정된 판단입니다.
따라서 과거 사업연도(개정 전)에 완전자회사 간 무증자합병을 진행했고 소멸 주식의 장부가액을 손금에 반영하지 않은 기업이라면, 경정청구를 통해 세금을 돌려받을 여지가 있습니다.
<관련법령>
법인세법 제19조 【손금의 범위】
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】
① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】
③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.
1.
내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우
2.
동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우
법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】 (2024. 2. 29. 개정)
⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.
1의3. 법 제44조 제3항 제2호에 따른 합병으로서 합병법인으로부터 합병대가로 취득하는 주식등이 없는 경우에는 해당 피합병법인 주식등의 취득가액(주식등이 아닌 합병대가가 있는 경우에는 그 합병대가의 금액을 차감한 금액으로 한다)을 가산한 금액
참고 결정례
조심2024서3654(2026.5.28., 인용), 기획재정부 법인세제과-344(2022.8.29.), 국세청 사전-2021-법규법인-1653(2022.9.6.)
※ 본 글은 일반적인 정보 제공을 위한 것으로 개별 사안에 대한 세무ㆍ법률 자문이 아닙니다. 세율ㆍ한도ㆍ요건은 시점에 따라 변경될 수 있으므로 실제 적용 시 현행 규정과 전문가 확인이 필요합니다.
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